r - 返回和保存时如何清理函数闭包(环境)？

Question

我有一个这样的计算(请注意，这只是非常简化的、缩减版的、最小的可重现示例!):

computation <- function() # simplified version!
{
    # a lot of big matrices here....
    big_matrix <- matrix(rnorm(2000*2000), nrow = 2000, ncol = 2000)

    exp.value <- 4.5
    prior <- function (x) rep(exp.value, nrow(x))

    # after computation, it returns the model
    list(
        some_info = 5.18,
        prior = prior
    )
}

此函数拟合并返回一个模型，我想将其保存到磁盘:

m <- computation()
save(m, file = "tmp.Rdata")
file.info("tmp.Rdata")$size
# [1] 30713946

不幸的是，正如你所看到的，文件太大了，因为它包含了函数 prior() 的整个闭包。 ，并且这个闭包包含来自 computation() 的所有数据函数，包括 big_matrix (在我的完整代码中有很多)。

现在，我尝试通过使用 environment(prior) <- list2env(list(exp.value = exp.value)) 重新定义先验函数的环境(闭包)来修复它。 :

exp.value <- 4.5
environment(m$prior) <- list2env(list(exp.value = exp.value))
save(m, file = "tmp.Rdata")
file.info("tmp.Rdata")$size
# [1] 475

这按预期工作!不幸的是，当我将此清理代码放入计算()函数时(实际上，当我将此代码放入任何函数时)，它停止工作!看:

computation <- function() # simplified version!
{
    # a lot of big matrices here....
    big_matrix <- matrix(rnorm(2000*2000), nrow = 2000, ncol = 2000)

    exp.value <- 4.5
    prior <- function (x) rep(exp.value, nrow(x))
    environment(prior) <- list2env(list(exp.value = exp.value)) # this is the update

    # after computation, it returns the model
    list(
        some_info = 5.18,
        prior = prior
    )
}
m <- computation()
save(m, file = "tmp.Rdata")
file.info("tmp.Rdata")$size
# [1] 30713151

文件又大了，关闭没有正确清理。

我不明白这是怎么回事？为什么清理代码在任何函数之外运行时有效，而在函数中停止工作？

如何使它在函数内工作？

Answer 1

解决问题的一种方法是在返回之前从环境中删除大变量。

computation <- function() 
{
    big_matrix <- matrix(rnorm(2000*2000), nrow = 2000, ncol = 2000)

    exp.value <- 4.5
    prior <- function (x) rep(exp.value, nrow(x))

    rm(big_matrix) ## remove variable

    list(
        some_info = 5.18,
        prior = prior
    )
}

您的问题 list2env方法是默认情况下它指向当前环境作为新环境的父环境，因此无论如何您都在捕获函数内的所有内容。您可以改为将全局环境指定为基础环境

computation <- function() 
{
  big_matrix <- matrix(rnorm(2000*2000), nrow = 2000, ncol = 2000)

  exp.value <- 4.5
  prior <- function (x) rep(exp.value, nrow(x))
                                                              # explicit parent
  environment(prior) <- list2env(list(exp.value = exp.value), parent=globalenv()) 

  list(
    some_info = 5.18,
    prior = prior
  )
}

(如果你指定 emptyenv() 那么你将无法找到像 rep() 这样的内置函数)