r - 共现矩阵 - 热图

Question

我有一个包含 20 多列和 2000 多行的大型数据集。我想知道不同变量同时出现的时间。此外，最好制作一个热图(共现热图或相关热图)。但是，我不确定您是否可以使用虚拟/二进制变量来做到这一点。有小费吗？

我需要转换此示例数据集 ( x )

    A   B   C   D   E   F
1   0   1   1   1   1   0
2   0   1   1   0   0   1
3   1   0   0   0   1   0
4   0   0   1   1   1   1
5   0   0   1   1   0   0

变成这样:

    A   B   C   D   E   F
A   0   0   0   0   1   0
B   0   0   2   1   1   1
C   0   2   0   3   2   2
D   0   1   3   0   2   1
E   1   1   2   2   0   1
F   0   1   2   2   1   0

Answer 1

给定一个矩阵 X ， 我们有

(A <- t(X) %*% X)
#   A B C D E F
# A 1 0 0 0 1 0
# B 0 2 2 1 1 1
# C 0 2 4 3 2 2
# D 0 1 3 3 2 1
# E 1 1 2 2 3 1
# F 0 1 2 1 1 2

如果您希望对角线包含零，则添加 diag(A) <- 0 .然后可以获得热图，例如，

heatmap(A, Rowv = NA, Colv = NA)