r - 使用 capture.output 捕获警告

Question

我在使用 capture.output() 时遇到问题我不知道为什么，因为它在很大程度上只是 sink() 的包装器。 .

考虑这个使用 sink() 的简单例子:

foo = function() warning("foo")

f = file()
sink(f, type = "message")
foo()
readLines(f)
## [1] "Warning message:" "In foo() : foo"  
close(f)

这按预期工作。然而， capture.output()才不是 :

f = file()
capture.output(foo(), file = f, type = "message")
## Warning message:
## In foo() : foo
readLines(f)
## character(0)
close(f)

capture.output()不过确实适用于消息:

bar = function() message("bar")
f = file()
capture.output(bar(), file = f, type = "message")
readLines(f)
## [1] "bar"
close(f)

但是根据文档，应该捕获消息和警告:

Messages sent to stderr() (including those from message, warning and stop) are captured by type = "message".

我在这里缺少什么？

Answer 1

@MrFlick 的评论指出了一个潜在的解决方案，前提是您可以控制传递给 warning() 的参数。 .如果您使用参数 immediate. = TRUE然后 capture.output()可以检索警告消息。

baz = function() warning("baz", immediate. = TRUE)
res = capture.output(baz(), type = "message")
print(res)
## [1] "Warning in baz() : baz"

编辑

或者，@user2554330 指出您可以使用 options(warn = 1)在全局范围内立即打印警告。

oldopt = getOption("warn")
options(warn = 1)
res = capture.output(foo(), type = "message")
print(res)
## [1] "Warning in foo() : foo"
options(warn = oldopt)

编辑 2

为了完整起见，我认为使用 withCallingHandlers 指出这种替代方法是有帮助的。 ，这不需要对选项进行任何更改，并且可能是更清洁的解决方案，具体取决于应用程序。考虑这个嵌套警告的例子:

foo = function() {
  warning("foo")
  bar()
}
bar = function() { 
  warning("bar")
  baz()
}
baz = function() {
  warning("baz")
  TRUE
}
# create a container to hold warning messages
logs = vector("character")
# function to capture warning messages
log_fun = function(w) logs <<- append(logs, w$message)
# function call with message capturing
withCallingHandlers(foo(), warning = log_fun)
## [1] TRUE
## Warning messages:
## 1: In foo() : foo
## 2: In bar() : bar
## 3: In baz() : baz
print(logs)
## [1] "foo" "bar" "baz"

请注意 withCallingHandlers允许您为不同的信号条件指定不同的行为，例如 warnings和 messages可以存储在单独的变量中。