- html - 出于某种原因,IE8 对我的 Sass 文件中继承的 html5 CSS 不友好?
- JMeter 在响应断言中使用 span 标签的问题
- html - 在 :hover and :active? 上具有不同效果的 CSS 动画
- html - 相对于居中的 html 内容固定的 CSS 重复背景?
我正在尝试在 R 中创建一个函数来计算每个密码子的频率。我们知道甲硫氨酸是一种氨基酸,只能由一组密码子 ATG 形成,因此它在每组序列中的百分比为 1。而甘氨酸可以由 GGT、GGC、GGA、GGG 形成,因此出现的百分比每个密码子将是 0.25。输入将在 DNA 序列中,如 ATGGGTGGCGGAGGG,并且在密码子表的帮助下,它可以计算输入中每次出现的百分比。
请通过建议实现此功能的方法来帮助我。
例如,如果我的论点是 ATGTGTTGCTGG那么,我的结果就是
ATG=1
TGT=0.5
TGC=0.5
TGG=1
R 的数据:
codon <- list(ATA = "I", ATC = "I", ATT = "I", ATG = "M", ACA = "T",
ACC = "T", ACG = "T", ACT = "T", AAC = "N", AAT = "N", AAA = "K",
AAG = "K", AGC = "S", AGT = "S", AGA = "R", AGG = "R", CTA = "L",
CTC = "L", CTG = "L", CTT = "L", CCA = "P", CCC = "P", CCG = "P",
CCT = "P", CAC = "H", CAT = "H", CAA = "Q", CAG = "Q", CGA = "R",
CGC = "R", CGG = "R", CGT = "R", GTA = "V", GTC = "V", GTG = "V",
GTT = "V", GCA = "A", GCC = "A", GCG = "A", GCT = "A", GAC = "D",
GAT = "D", GAA = "E", GAG = "E", GGA = "G", GGC = "G", GGG = "G",
GGT = "G", TCA = "S", TCC = "S", TCG = "S", TCT = "S", TTC = "F",
TTT = "F", TTA = "L", TTG = "L", TAC = "Y", TAT = "Y", TAA = "stop",
TAG = "stop", TGC = "C", TGT = "C", TGA = "stop", TGG = "W")
最佳答案
首先,我得到我的查找列表和序列。
codon <- list(ATA = "I", ATC = "I", ATT = "I", ATG = "M", ACA = "T",
ACC = "T", ACG = "T", ACT = "T", AAC = "N", AAT = "N", AAA = "K",
AAG = "K", AGC = "S", AGT = "S", AGA = "R", AGG = "R", CTA = "L",
CTC = "L", CTG = "L", CTT = "L", CCA = "P", CCC = "P", CCG = "P",
CCT = "P", CAC = "H", CAT = "H", CAA = "Q", CAG = "Q", CGA = "R",
CGC = "R", CGG = "R", CGT = "R", GTA = "V", GTC = "V", GTG = "V",
GTT = "V", GCA = "A", GCC = "A", GCG = "A", GCT = "A", GAC = "D",
GAT = "D", GAA = "E", GAG = "E", GGA = "G", GGC = "G", GGG = "G",
GGT = "G", TCA = "S", TCC = "S", TCG = "S", TCT = "S", TTC = "F",
TTT = "F", TTA = "L", TTG = "L", TAC = "Y", TAT = "Y", TAA = "stop",
TAG = "stop", TGC = "C", TGT = "C", TGA = "stop", TGG = "W")
MySeq <- "ATGTGTTGCTGG"
接下来,我加载 stringi
库并将序列分成三个字符的 block 。
# Load library
library(stringi)
# Break into 3 bases
seq_split <- stri_sub(MySeq, seq(1, stri_length(MySeq), by=3), length=3)
然后,我使用table
统计这三个基本 block 对应的字母。
# Get associated letters
letter_count <- table(unlist(codon[seq_split]))
最后,我将序列与计数的倒数绑定(bind)在一起,并重命名我的数据框列。
# Bind into a data frame
res <- data.frame(seq_split,
1/letter_count[match(unlist(codon[seq_split]), names(letter_count))])
# Rename columns
colnames(res) <- c("Sequence", "Letter", "Percentage")
# Sequence Letter Percentage
#1 ATG M 1.0
#2 TGT C 0.5
#3 TGC C 0.5
#4 TGG W 1.0
关于r - 如何找到密码子的特定频率?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/50655313/
我正在从 Stata 迁移到 R(plm 包),以便进行面板模型计量经济学。在 Stata 中,面板模型(例如随机效应)通常报告组内、组间和整体 R 平方。 I have found plm 随机效应
关闭。这个问题不符合Stack Overflow guidelines .它目前不接受答案。 想改进这个问题?将问题更新为 on-topic对于堆栈溢出。 6年前关闭。 Improve this qu
我想要求用户输入整数值列表。用户可以输入单个值或一组多个值,如 1 2 3(spcae 或逗号分隔)然后使用输入的数据进行进一步计算。 我正在使用下面的代码 EXP <- as.integer(rea
当 R 使用分类变量执行回归时,它实际上是虚拟编码。也就是说,省略了一个级别作为基础或引用,并且回归公式包括所有其他级别的虚拟变量。但是,R 选择了哪一个作为引用,以及我如何影响这个选择? 具有四个级
这个问题基本上是我之前问过的问题的延伸:How to only print (adjusted) R-squared of regression model? 我想建立一个线性回归模型来预测具有 15
我在一台安装了多个软件包的 Linux 计算机上安装了 R。现在我正在另一台 Linux 计算机上设置 R。从他们的存储库安装 R 很容易,但我将不得不使用 安装许多包 install.package
我正在阅读 Hadley 的高级 R 编程,当它讨论字符的内存大小时,它说: R has a global string pool. This means that each unique strin
我们可以将 Shiny 代码写在两个单独的文件中,"ui.R"和 "server.R" , 或者我们可以将两个模块写入一个文件 "app.R"并调用函数shinyApp() 这两种方法中的任何一种在性
我正在使用 R 通过 RGP 包进行遗传编程。环境创造了解决问题的功能。我想将这些函数保存在它们自己的 .R 源文件中。我这辈子都想不通怎么办。我尝试过的一种方法是: bf_str = print(b
假设我创建了一个函数“function.r”,在编辑该函数后我必须通过 source('function.r') 重新加载到我的全局环境中。无论如何,每次我进行编辑时,我是否可以避免将其重新加载到我的
例如,test.R 是一个单行文件: $ cat test.R # print('Hello, world!') 我们可以通过Rscript test.R 或R CMD BATCH test.R 来
我知道我可以使用 Rmd 来构建包插图,但想知道是否可以更具体地使用 R Notebooks 来制作包插图。如果是这样,我需要将 R Notebooks 编写为包小插图有什么不同吗?我正在使用最新版本
我正在考虑使用 R 包的共享库进行 R 的站点安装。 多台计算机将访问该库,以便每个人共享相同的设置。 问题是我注意到有时您无法更新包,因为另一个 R 实例正在锁定库。我不能要求每个人都关闭它的 R
我知道如何从命令行启动 R 并执行表达式(例如, R -e 'print("hello")' )或从文件中获取输入(例如, R -f filename.r )。但是,在这两种情况下,R 都会运行文件中
我正在尝试使我当前的项目可重现,因此我正在创建一个主文档(最终是一个 .rmd 文件),用于调用和执行其他几个文档。这样我自己和其他调查员只需要打开和运行一个文件。 当前设置分为三层:主文件、2 个读
关闭。这个问题不符合Stack Overflow guidelines .它目前不接受答案。 想改进这个问题?将问题更新为 on-topic对于堆栈溢出。 5年前关闭。 Improve this qu
我的 R 包中有以下描述文件 Package: blah Title: What the Package Does (one line, title case) Version: 0.0.0.9000
有没有办法更有效地编写以下语句?accel 是一个数据框。 accel[[2]]<- accel[[2]]-weighted.mean(accel[[2]]) accel[[3]]<- accel[[
例如,在尝试安装 R 包时 curl作为 usethis 的依赖项: * installing *source* package ‘curl’ ... ** package ‘curl’ succes
我想将一些软件作为一个包共享,但我的一些脚本似乎并不能很自然地作为函数运行。例如,考虑以下代码块,其中“raw.df”是一个包含离散和连续类型变量的数据框。函数“count.unique”和“squa
我是一名优秀的程序员,十分优秀!