r - 在 SPSS、R 或 Excel 中按其他变量分组的向量之间的欧氏距离

Question

我有一个数据集包含这样的东西:

case,group,val1,val2,val3,val4
1,1,3,5,6,8
2,1,2,7,5,4
3,2,1,3,6,8
4,2,5,4,3,7
5,1,8,6,5,3

我正在尝试以编程方式计算组中值向量之间的欧几里德距离。

这意味着我在 n 个组中有 x 个案例。计算行对之间的欧几里德距离，然后对组进行平均。因此，在上面的示例中，首先我计算第 1 组(案例 1、2 和 5)的平均值和标准偏差，然后标准化值(即 [(原始值 - 平均值)/标准偏差]，然后计算案例之间的 ED 1 和案例 2、案例 2 和 5、案例 1 和 5，最后平均该组的 ED。

谁能提出一种以合理有效的方式实现这一目标的简洁方法？

Answer 1

是的，在 R 中可能更容易...

您的数据:

dat <- data.frame(case  = 1:5, 
                  group = c(1, 1, 2, 2, 1),
                  val1  = c(3, 2, 1, 5, 8),
                  val2  = c(5, 7, 3, 4, 6),
                  val3  = c(6, 5, 6, 3, 5),
                  val4  = c(8, 4, 8, 7, 3))

一个简短的解决方案:

library(plyr)
ddply(dat[c("group", "val1", "val2", "val3", "val4")],
      "group", function(x)c(mean.ED = mean(dist(scale(as.matrix(x))))))
#   group  mean.ED
# 1     1 3.121136
# 2     2 3.162278