在 R 中读取有向图

Question

我在阅读/创建有向图时遇到问题。我按照我找到的步骤操作 here .

这是我的文本文件graph.txt:

1 2
1 3
2 5
3 4
3 5
4 5
5 6
5 10
6 7
7 8
7 9
7 12
8 9
9 10
9 11
9 12
10 11
11 7
11 12

现在我读了这个graph.txt:

library("igraph")
xlist<-read.graph("graph.txt", format="edgelist")

然后我绘制它:

plot(xlist)

但这不是我读入 xlist 的图表:



如您所见，1->2、1->3、5->10 等之间没有边。如何正确读取有向图？

完成此操作后，如何显示两个节点之间的所有最短路径？

Answer 1

这对我来说似乎很好用:

 xlist<-read.table("graph.txt")
 xlist <- graph.data.frame(xlist)
 plot(xlist)

备注 R更改节点并将它们从零向上索引(不在最近的 igraph 更新为下面的@Sacha Epskamp 评论)。
使用:

plot(xlist, vertex.label= V(xlist)$name)

你会看到你想要的名字。即 1 和 2 之间的边。

绘制最短路径的一种方法是使用 get.all.shortest.paths然后使用它对您的图形进行子集化并对其进行过度绘制。看我的 answer to this question对于我绘制生成树的类似示例。