r - R中使用for循环的卡方分析

Question

我正在尝试对数据中的所有变量组合进行卡方分析，我的代码是:

Data <- esoph[ , 1:3]
OldStatistic <- NA
for(i in 1:(ncol(Data)-1)){
for(j in (i+1):ncol(Data)){
Statistic <- data.frame("Row"=colnames(Data)[i], "Column"=colnames(Data)[j],
                     "Chi.Square"=round(chisq.test(Data[ ,i], Data[ ,j])$statistic, 3),
                     "df"=chisq.test(Data[ ,i], Data[ ,j])$parameter,
                     "p.value"=round(chisq.test(Data[ ,i], Data[ ,j])$p.value, 3),
                      row.names=NULL)
temp <- rbind(OldStatistic, Statistic)
OldStatistic <- Statistic
Statistic <- temp
}
}

str(Data)
'data.frame':   88 obs. of  3 variables:
 $ agegp: Ord.factor w/ 6 levels "25-34"<"35-44"<..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ alcgp: Ord.factor w/ 4 levels "0-39g/day"<"40-79"<..: 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 ...
 $ tobgp: Ord.factor w/ 4 levels "0-9g/day"<"10-19"<..: 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 ...


Statistic
    Row Column Chi.Square df p.value
1 agegp  tobgp      2.400 15       1
2 alcgp  tobgp      0.619  9       1

我的代码给出了变量 1 与变量 3 以及变量 2 与变量 3 的卡方分析输出，但变量 1 与变量 2 缺少卡方分析输出。我努力尝试但无法修复代码。任何意见和建议将不胜感激。我想对所有可能的组合进行交叉制表。提前致谢。

编辑

我曾经在 SPSS 中进行过这种分析，但现在我想切换到 R。

Answer 1

您的数据样本将不胜感激，但我认为这对您有用。首先，使用 combn 创建所有列的组合.然后编写一个函数与 apply 一起使用函数来遍历组合。我喜欢用 plyr因为很容易在后端指定您想要的数据结构。另请注意，您只需要为每个列组合计算一次卡方检验，这也可以大大加快速度。

library(plyr)

combos <- combn(ncol(Dat),2)

adply(combos, 2, function(x) {
  test <- chisq.test(Dat[, x[1]], Dat[, x[2]])

  out <- data.frame("Row" = colnames(Dat)[x[1]]
                    , "Column" = colnames(Dat[x[2]])
                    , "Chi.Square" = round(test$statistic,3)
                    ,  "df"= test$parameter
                    ,  "p.value" = round(test$p.value, 3)
                    )
  return(out)

})