r - "Cannot open the connection"- R 中的 HPC 有雪

Question

我正在尝试使用雪在 R 中运行并行作业。我已经能够在旧版本的 R 和雪上运行非常相似的工作而没有问题。 R 包依赖项阻止我恢复。

会发生什么:我的工作终止于 parRapply步骤，即节点第一次除了报告之外必须做任何事情Sys.info() .错误信息如下:

Error in checkForRemoteErrors(val) : 
3 nodes produced errors; first error: cannot open the connection 
Calls: parRapply ... clusterApply -> staticClusterApply -> checkForRemoteErrors

规范: R 2.14.0，snow 0.3-8，RedHat Enterprise Linux Client 5.6 版。雪包已建立在正确版本的 R 上。

详情:
以下代码似乎可以正常执行:

cl <- makeCluster(3)
clusterEvalQ(cl,library(deSolve,lib="~/R/library"))
clusterCall(cl,function() Sys.info()[c("nodename","machine")])

我是最终用户，而不是系统管理员，但我迫切希望得到有关可能出错的建议和见解。

Answer 1

出现这个神秘错误是因为在程序执行期间请求的输入文件实际上并不存在。每个节点都会尝试加载此文件，然后失败，但这只会导致“无法打开连接”消息。

这意味着几乎任何事情都可能导致“连接”错误。令人难以置信的烦人!