r - window 7 : Installing multiple R packages via script

Question

我正在尝试在 Windows 7 上编写 R 2.15.1 的安装脚本。 R 安装得很好，但我无法弄清楚如何从同一个批处理脚本(或任何批处理脚本，就此而言)安装多个包。下面是我调用简单 R 文件的脚本部分。

"%ProgramFiles%\R\R-2.15.1\bin\R.exe" CMD BATCH "%~dp0R packages for GME.R"

以下是“R 包 GME.R”的内容，其中包含要安装的包。

install.packages("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve","RandomFields",dep=TRUE)

给定 documented ownership and ACLs issues with writing to the default library folder in Windows ，我尝试了以下方法:

取得“C:\Program Files\R\R-2.15.1\library”的所有权，然后运行 ​​R CMD BATCH <file> (没变);

在同一文件夹中为我的用户帐户授予“完全控制”权限，然后运行 ​​R CMD BATCH <file> (没变);

通过 Rprofile.site 将库文件夹更改为另一个位置，然后运行 ​​R CMD BATCH <file> (没变);

通过 Rgui 运行命令 install.packages("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve","RandomFields",dep=TRUE) (作品)。

到目前为止，我还没有使用 CMD 或批处理脚本来安装软件包。有什么我想念的吗？任何脚本包安装的替代方法将不胜感激。

此外，我将要安装的机器是供多个用户使用的，因此首选系统范围的安装和配置。

//

编辑 2012-11-06:
这是 .Rout 文件中的错误消息:

install.packages("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve","RandomFields",dep=TRUE)
Warning in install.packages("CircStats", "coda", "deldir", "gplots", "igraph",  :
  'lib = "coda"' is not writable
Error in install.packages("CircStats", "coda", "deldir", "gplots", "igraph",  : 
  unable to install packages
Execution halted

如果我执行 library(coda)之后，它给出 Error in library(coda) : there is no package called ‘coda’ .

Answer 1

odesolve 包已折旧并已被 deSolve 取代。 R 2.15.1 在遇到这个包时抛出错误。它可能会给你带来问题。这是我用于为新 R 安装安装软件包的脚本。

libs=c("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve‌​","RandomFields")
type=getOption("pkgType")                           
    CheckInstallPackage <- function(packages, repos="http://cran.r-project.org",
       depend=c("Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests", "Enhances"), ...) {
         installed=as.data.frame(installed.packages())
    for(p in packages) {
        if(is.na(charmatch(p, installed[,1]))) { 
          install.packages(p, repos=repos, dependencies=depend, ...) 
                    }
      }
    } 
    CheckInstallPackage(packages=libs)