docker - Snakemake + docker 示例，如何使用卷

Question

让我们有一个简单的蛇文件，如

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    shell:
        "somecommand {input} {output}"

我想概括绘图规则，以便它可以在 docker 容器中运行，类似于

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    singularity:
        "docker://joseespinosa/docker-r-ggplot2"
    shell:
        "somecommand {input} {output}"

如果我理解得很好，当我运行 snakemake --use-singularity我得到了 somecommand在 docker 容器内运行，如果没有容器的一些卷配置，则无法找到输入 csv 文件。

您能否提供一个小的工作示例来描述如何在 Snakefile 或其他 Snakemake 文件中配置卷？

Answer 1

当你运行 snakemake 并告诉它使用奇点图像时，你可以这样做:
snakemake --use-singularity
您还可以将其他参数传递给奇异性，包括绑定(bind)点，如下所示:
snakemake --use-singularity --singularity-args "-B /path/outside/container/:/path/inside/container/"
现在，如果您的 csv 文件位于 /path/outside/container/ ，可以通过某些命令毫无问题地看到。

请记住，如果您的内部路径和外部路径不相同，则需要在您的蛇形规则中的不同部分使用这两条路径。这就是我的做法:

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    params:
        i = "inside/container/input/{dataset}.csv",
        o = "inside/container/output/{dataset}.pdf"
    singularity:
        "docker://joseespinosa/docker-r-ggplot2"
    shell:
        "somecommand {params.i} {params.o}"

当你运行这个蛇文件时，绑定(bind) raw/至 inside/container/input/ , 并绑定(bind) plots/至 inside/container/output/ . Snakemake 将在您的本地机器上查找输入/输出文件，但会给容器命令以使用容器内部路径运行，一切都会很棒。

TL;DR:输入和输出中的本地路径，参数和外壳中的容器路径。在命令行调用中绑定(bind)本地和容器路径。