r - 如何检查日期是否在 R 中的间隔列表内？

Question

我有两个数据框(tibbles)，每个数据框有 2 个变量:

df.POS:ID(ID变量)；日期(实验室检测呈阳性的日期)

df.NEG:ID(ID变量)；数据(阴性实验室测试的日期(超过 1 次测试)。

请注意 data 是一个列表变量，使用 tidyr 包的 nest() 函数创建。

library(tidyverse)
library(lubridate)

# negative tests
dates.neg <- ymd(c('2018-02-01', '2018-02-06', '2018-02-10', 
             '2018-02-21', '2018-04-05'))
df.NEG <- tibble(ID = paste0('ID_', rep(1, 5)),
          DATE = dates.neg) %>%
       group_by(ID) %>% 
          nest()
df.NEG

## # A tibble: 1 x 2
##   ID    data            
##   <chr> <list>          
## 1 ID_1  <tibble [5 × 1]>


dates.pos <- ymd(c('2018-02-07', '2018-02-12', '2018-02-13', 
             '2018-02-20', '2018-02-21', '2018-03-18'))

df.POS <- tibble(ID = paste0('ID_', rep(1, 6)),
           DATE = dates.pos)
df.POS

## # A tibble: 6 x 2
##   ID    DATE      
##   <chr> <date>    
## 1 ID_1  2018-02-07
## 2 ID_1  2018-02-12
## 3 ID_1  2018-02-13
## 4 ID_1  2018-02-20
## 5 ID_1  2018-02-21
## 6 ID_1  2018-03-18

我想知道在阳性测试结果后最多 2 天内，哪些阳性测试也有阴性测试。我试过使用 purrr 包的 map2() 函数

df.TOTAL <- df.POS %>%
  left_join(df.NEG, by = 'ID') %>%
    mutate(TIME = interval(DATE, DATE + days(2)),
           RESULT = map2(data, "DATE", TIME, ~ .x %within% .y)) 

不幸的是，我的代码不起作用。 RESULT 变量应该是逻辑的，如果在阳性测试后最多 2 天出现阴性测试结果，则返回 TRUE。相反，它是一个列表并返回 NULL。

df.TOTAL

## # A tibble: 6 x 5
##   ID    DATE       data             TIME                           RESULT
##   <chr> <date>     <list>           <S4: Interval>                 <list>
## 1 ID_1  2018-02-07 <tibble [5 × 1]> 2018-02-07 UTC--2018-02-09 UTC <NULL>
## 2 ID_1  2018-02-12 <tibble [5 × 1]> 2018-02-12 UTC--2018-02-14 UTC <NULL>
## 3 ID_1  2018-02-13 <tibble [5 × 1]> 2018-02-13 UTC--2018-02-15 UTC <NULL>
## 4 ID_1  2018-02-20 <tibble [5 × 1]> 2018-02-20 UTC--2018-02-22 UTC <NULL>
## 5 ID_1  2018-02-21 <tibble [5 × 1]> 2018-02-21 UTC--2018-02-23 UTC <NULL>
## 6 ID_1  2018-03-18 <tibble [5 × 1]> 2018-03-18 UTC--2018-03-20 UTC <NULL>

任何人都可以帮忙吗？

我会很感激一些帮助。首先十分感谢!

Answer 1

首先，请注意，您可以测试“负”日期向量中的任何元素是否落在“正”区间内，如下所示:

any(dates.neg %within% interval(dates.pos[1], dates.pos[1] + days(2)))
# [1] FALSE

这建议使用以下方法 map2 -- 或更有用的是， map2_lgl :

df.TOTAL <- df.POS %>%
  left_join(df.NEG, by = 'ID') %>%
    mutate(TIME = interval(DATE, DATE + days(2)),
           RESULT = map2_lgl(data, TIME, ~any(.x$DATE %within% .y)))
# # A tibble: 6 x 5
#   ID    DATE       data             TIME                           RESULT
#   <chr> <date>     <list>           <S4: Interval>                 <lgl> 
# 1 ID_1  2018-02-07 <tibble [5 x 1]> 2018-02-07 UTC--2018-02-09 UTC FALSE 
# 2 ID_1  2018-02-12 <tibble [5 x 1]> 2018-02-12 UTC--2018-02-14 UTC FALSE 
# 3 ID_1  2018-02-13 <tibble [5 x 1]> 2018-02-13 UTC--2018-02-15 UTC FALSE 
# 4 ID_1  2018-02-20 <tibble [5 x 1]> 2018-02-20 UTC--2018-02-22 UTC TRUE  
# 5 ID_1  2018-02-21 <tibble [5 x 1]> 2018-02-21 UTC--2018-02-23 UTC TRUE  
# 6 ID_1  2018-03-18 <tibble [5 x 1]> 2018-03-18 UTC--2018-03-20 UTC FALSE 

感谢@ubutun 改进答案。