r - 范围内的数据框查找值并返回不同的列

Question

我有两个数据框，并希望使用其中的值( DF1$pos )来搜索 DF2 中的两列(DF2start、DF2end)，如果它落在这些数字内，则返回 DF2$name
DF1

ID   pos  name
chr   12
chr  542
chr  674

DF2

ID   start   end   annot
chr      1   200      a1
chr    201   432      a2
chr    540  1002      a3
chr   2000  2004      a4

所以在这个例子中，我希望 DF1 成为

ID   pos  name
chr   12    a1
chr  542    a3
chr  674    a3

我曾尝试使用合并和相交，但不知道如何使用 if带有逻辑表达式的语句。

数据帧应编码如下，

DF1  <- data.frame(ID=c("chr","chr","chr"),
               pos=c(12,542,672),
               name=c(NA,NA,NA))

DF2  <- data.frame(ID=c("chr","chr","chr","chr"),
               start=c(1,201,540,200),
               end=c(200,432,1002,2004),
               annot=c("a1","a2","a3","a4"))

Answer 1

也许你可以使用 foverlaps来自“data.table”包。

library(data.table)
DT1 <- data.table(DF1)
DT2 <- data.table(DF2)
setkey(DT2, ID, start, end)
DT1[, c("start", "end") := pos]  ## I don't know if there's a way around this step...
foverlaps(DT1, DT2)
#     ID start  end annot pos i.start i.end
# 1: chr     1  200    a1  12      12    12
# 2: chr   540 1002    a3 542     542   542
# 3: chr   540 1002    a3 674     674   674
foverlaps(DT1, DT2)[, c("ID", "pos", "annot"), with = FALSE]
#     ID pos annot
# 1: chr  12    a1
# 2: chr 542    a3
# 3: chr 674    a3

正如@Arun 在评论中提到的，您也可以使用 which = TRUE在 foverlaps提取相关值:

foverlaps(DT1, DT2, which = TRUE)
#    xid yid
# 1:   1   1
# 2:   2   3
# 3:   3   3
DT2$annot[foverlaps(DT1, DT2, which = TRUE)$yid]
# [1] "a1" "a3" "a3"