r - 无法为签名 ‘species’ 字符找到函数 ‘"的继承方法"’

Question

我正在尝试按照此管道执行 GSEA 分析:
https://learn.gencore.bio.nyu.edu/rna-seq-analysis/gene-set-enrichment-analysis/
但是当我运行代码时:出现以下消息:
**> (function (classes, fdef, mtable) 中的错误:无法找到

inherited method for function ‘species’ for signature ‘"character"’**

这是我正在运行的代码:

library(clusterProfiler)
library(enrichplot)
library(ggplot2)

# SET THE DESIRED ORGANISM HERE
organism = "org.Dm.eg.db"
BiocManager::install(organism, character.only = TRUE)
library(organism, character.only = TRUE)

original_gene_list <- df$log2FoldChange
names(original_gene_list) <- df$X
gene_list<-na.omit(original_gene_list)

# sort the list in decreasing order (required for clusterProfiler)
gene_list = sort(gene_list, decreasing = TRUE)

gse <- gseGO(geneList=gene_list, 
             ont ="ALL", 
             keyType = "ENSEMBL", 
             minGSSize = 3, 
             maxGSSize = 800, 
             pvalueCutoff = 0.05, 
             verbose = TRUE, 
             OrgDb = organism, 
             pAdjustMethod = "none")

我读到的是我可能有两个包，其中存在函数“species”，但在这里我没有运行任何称为物种的函数。
我怎么解决这个问题？

Answer 1

在代码的第五行中，您需要将代码从

organism = "org.Dm.eg.db"

到

organism = org.Dm.eg.db

因为当您在最后一行中使用 gseGO 函数时，您将参数“OrgDb”用作“OrgDb = 有机体”。其实参数应该是 OrgDb = org.Dm.eg.db而不是“org.Dm.eg.db”的字符变量。