- html - 出于某种原因,IE8 对我的 Sass 文件中继承的 html5 CSS 不友好?
- JMeter 在响应断言中使用 span 标签的问题
- html - 在 :hover and :active? 上具有不同效果的 CSS 动画
- html - 相对于居中的 html 内容固定的 CSS 重复背景?
我有一个具有以下模式的文件列表:sampleid_samplename_counts.csv 表示计数矩阵,行中有单元名,列中有基因。
我正在尝试从这些文件生成计数矩阵,以加载到需要列中的细胞名和行中的基因的 Seurat 包中。
我成功地获得了以下矩阵,其中 x 是所有 .csv 文件名的向量(我需要为对象创建一个新名称,因为我无法在循环中重新分配“i”):
for (i in x) {
assign(paste0(i, ".counts"), t(read.table(i, sep = ",")))
}
colnames(file.counts) <- file.counts[1,]
file.counts <- file.counts[-1,]
structure(list(V1 = c(NA, 121270371765165, 121270372580596, 121270373898541,
121270374395228, 121270374676403, 121270375926581, 121270376000796,
121270376290589, 121270378289958, 121270378621156, 121347513957787,
121347516024694, 121347517659934, 121347518125797, 121347519671644,
121347519760734, 121347519921075, 121347520489203, 121896195804531
), V2 = c("DPM1", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", ""), V3 = c("SCYL3", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""
), V4 = c("FGR", "", "", "", "", "", "", "", "", "1.0", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", ""), V5 = c("CFH", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""),
V6 = c("FUCA2", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", ""), V7 = c("GCLC", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
""), V8 = c("NFYA", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", ""), V9 = c("NIPAL3", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", ""), V10 = c("LAS1L", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "")), row.names = c(NA,
20L), class = "data.frame")
structure(c(NA, "DPM1", "SCYL3", "FGR", "CFH", "FUCA2", "GCLC",
"NFYA", "NIPAL3", "LAS1L", "ENPP4", "ANKIB1", "KRIT1", "RAD52",
"BAD", "LAP3", "CD99", "MAD1L1", "LASP1", "SNX11", "1.212704e+14",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "1.212704e+14", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "1.0", "", "", "", "1.212704e+14", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "1.212704e+14", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "1.212704e+14", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "1.0",
"", "1.212704e+14", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "1.212704e+14", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "1.212704e+14",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "1.212704e+14", "", "", "1.0", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), .Dim = c(20L, 10L
), .Dimnames = list(c("V1", "V2", "V3", "V4", "V5", "V6", "V7",
"V8", "V9", "V10", "V11", "V12", "V13", "V14", "V15", "V16",
"V17", "V18", "V19", "V20"), NULL))
最佳答案
也许这有助于...
library( data.table )
#build list of csv.gz files (I only kept two files in the dir)
files.to.read <- list.files( "./temp/GSE114725_RAW/", pattern = "\\.csv.gz$", full.names = TRUE )
#build a list of read data
L <- lapply( files.to.read, data.table::fread )
#transpose each list element
L.transposed <- lapply( L, data.table::transpose, keep.names = "gene", make.names = "V1" )
#set list names based on filenames
names(L.transposed) <- basename( files.to.read )
#write list elements to individual data.tables
for(i in 1:length(L.transposed)) assign(names(L.transposed)[i], L.transposed[[i]])
关于r - 在 r 的 for() 循环中转置和重命名数据帧,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/62152896/
我正在尝试使用谷歌浏览器的 Trace Event Profiling Tool分析我正在运行的 Node.js 应用程序。选择点样本后,我可以在三种 View 之间进行选择: 自上而下(树) 自上而
对于一个可能是菜鸟的问题,我们深表歉意,但尽管在 SO 上研究了大量教程和其他问题,但仍找不到答案。 我想做的很简单:显示一个包含大量数据库存储字符串的 Android ListView。我所说的“很
我已经开始了一个新元素的工作,并决定给 Foundation 5 一个 bash,看看它是什么样的。在创建带有水平字段的表单时,我在文档中注意到的第一件事是它们使用大量 div 来设置样式。所以我在下
我有一个 Windows 窗体用户控件,其中包含一个使用 BeginInvoke 委托(delegate)调用从单独线程更新的第 3 方图像显示控件。 在繁重的 CPU 负载下,UI 会锁定。当我附加
我有一堆严重依赖dom元素的JS代码。我目前使用的测试解决方案依赖于 Selenium ,但 AFAIK 无法正确评估 js 错误(addScript 错误不会导致您的测试失败,而 getEval 会
我正在制作一款基于滚动 2D map /图 block 的游戏。每个图 block (存储为图 block [21][11] - 每个 map 总共 231 个图 block )最多可以包含 21 个
考虑到以下情况,我是前端初学者: 某个 HTML 页面应该包含一个沉重的图像(例如 - 动画 gif),但我不想强制客户缓慢地等待它完全下载才能享受一个漂亮的页面,而是我更愿意给他看一个轻量级图像(例
我正在设计一个小软件,其中包括: 在互联网上获取资源, 一些用户交互(资源的快速编辑), 一些处理。 我想使用许多资源(它们都列在列表中)来这样做。每个都独立于其他。由于编辑部分很累,我想让用户(可能
我想比较两个理论场景。为了问题的目的,我简化了案例。但基本上它是您典型的生产者消费者场景。 (我关注的是消费者)。 我有一个很大的Queue dataQueue我必须将其传输给多个客户端。 那么让我们
我有一个二元分类问题,标签 0 和 1(少数)存在巨大不平衡。由于测试集带有标签 1 的行太少,因此我将训练测试设置为至少 70-30 或 60-40,因此仍然有重要的观察结果。由于我没有过多地衡量准
我是一名优秀的程序员,十分优秀!