r - igraph轴xlim ylim图错误

Question

如果我做一个图g:

g <- read.table(text="

 A  B   W

 1  55  3
 2  55  5
 3  99  6 ",header=TRUE)

library(igraph)
g <- graph.data.frame(g)

和坐标矩阵:

y<-1:5
x<-c(0.1,0.1,0.2,0.2,0.8)
l<-data.frame(x,y)
l<-as.matrix(l)

我可以根据自定义坐标和绘图轴来绘制带有节点位置的图形。

plot(g,layout=l,rescale=F,axes=TRUE,ylim=c(0,6),xlim=c(0,1))

但是xaxis限制无法正常运行，我认为会受到yaxis限制的影响。我如何以自己希望的方式控制xaxis，例如将其保持在0到1之间。

即 plot(x,y,xlim=c(0,1),ylim=c(0,6))
这是一个错误吗？如果是这样并且无法解决，那么是否还有另一个具有相同功能的软件包？

Answer 1

简短的答案是，您需要将要绘制的调用的asp参数设置为0，因为默认的asp = 1会产生您所看到的行为(即，这不是错误，它是一个功能)。详细解释如下。

如您所正确注意到的，xaxis根据yaxis的不同而有所不同。具体来说，x轴的高低数字之间的距离与yaxis大致相同:

如果为yaxis = c(0,6)，则x轴从-3变为4。6 - 0 = 6和4 - (-3) = 7

如果为yaxis = c(0,3)，则x轴从-1变为2。3 - 0 = 2 - (-1) = 3

Igraph似乎在轴之间保持恒定的比率。

如果调用 ?plot.igraph(通过 igraph对象调用的绘图功能，也可以通过 help(package = "igraph")找到)，则可以在 See Also下找到:

igraph.plotting for the detailed description of the plotting parameters

如果单击此链接(或调用 ?igraph.plotting)并浏览参数，则会发现:

asp A numeric constant, it gives the asp parameter for plot, the aspect ratio. Supply 0 here if you don't want to give an aspect ratio.
It is ignored by tkplot and rglplot.

Defaults to 1.

因此，方面参数 asp在igraph中默认为 1。如果您想要其他比率，请将其设置为 0:

plot(g,layout=l,rescale=F,axes=TRUE,ylim=c(0,6),xlim=c(0,1), asp = 0)

这回答了您的问题。但是，请注意，现在的要点很大。您可能会想尝试以下参数(在 ?igraph.plotting上找到，但请注意，许多参数需要像我本人一样以 vertex.作为前缀):

vertex.size默认为15，5似乎更好

vertex.label.cex的默认值为1，最好是0.8。

以下生成更好的图:
plot(g,layout=l,rescale=F,axes=TRUE,ylim=c(0,6),xlim=c(0,1), asp = 0, vertex.size = 5, vertex.label.cex = 0.8)