r - xtable中的Cox回归输出-选择行/列并添加置信区间

Question

我不会将cox回归的输出导出到表中，然后可以将其放入我的文章中。我想最好的方法是使用xtable:

library(survival)
data(pbc)
fit.pbc <- coxph(Surv(time, status==2) ~ age + edema + log(bili) + 
    log(protime) + log(albumin), data=pbc)

summary(fit.pbc)
library(xtable)
xtable(fit.pbc)

现在我要对输出执行以下操作:

添加95％的置信区间(CI)

选择某些行，例如年龄和日志(protime)

将exp(B)和CI四舍五入到小数点后三位

使用z和常规coef删除列

提前致谢!

Answer 1

我将首先查看survival包如何构造默认情况下要打印的表的方法。

要找到执行该打印的功能，请检查适合对象的类，然后为该类寻找一种打印方法:

class(fit.pbc)
# [1] "coxph"
grep("coxph", methods("print"), value=TRUE)
# [1] "print.coxph"         "print.coxph.null"   
# [3] "print.coxph.penal"   "print.summary.coxph"

看完 print.coxph之后，我想到了以下内容:

cox  <- fit.pbc

# Prepare the columns
beta <- coef(cox)
se   <- sqrt(diag(cox$var))
p    <- 1 - pchisq((beta/se)^2, 1)
CI   <- round(confint(cox), 3)

# Bind columns together, and select desired rows
res <- cbind(beta, se = exp(beta), CI, p)
res <- res[c("age", "log(protime)"),]

# Print results in a LaTeX-ready form
xtable(res)