r - Rmarkdown 文档中的源嵌套 R 文件

Question

我正在写 Rmd报告一些 R代码块，很明显。我的代码结构如下:

一个 functions.R自定义函数脚本

DataDependency.R用于加载包和我的数据的脚本，这已经是 functions.R 的来源正是这些任务

一些 analysis.R脚本采购DataDependency.R

更多 furtheranalyis.R采购 analysis.R ，从此我不必多次写一些步骤

因此，我非常依赖以嵌套方式获取源文件的函数。但是，我无法在 RMarkdown 中完成此操作这每次都会给我错误(见下文)。是我太笨了还是缺少这个功能？!到目前为止，所有尝试都导致错误。

我看到的有关该主题的其他问题仅包括 .Rmd 的采购。在 .Rmd 内文件( here )和 source() 之间的区别和 read_chunk() ( here)。两者都没有回答我的问题。

我已经尝试确保确实是嵌套采购导致了错误。所以这是一个最小的工作示例:

MWE

文件 mweA.R

x = 1:10

和文件 mweB.R

source("./mweA.R")
y = x * x

现在，在我的 .Rmd文件我只想加载文件 B (或者如果我必须加载两者)，然后继续它:

```{r}
source("./mweB.R")
plot(y ~ x)
```

即使我这样做:

```{r}
source("./mweA.R")
source("./mweB.R")
plot(y ~ x)
```

出现同样的错误，即:

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection Calls: <Anonymous> ... source -> withVisible -> eval -> source -> file Execution halted

请注意，如果我只是执行 source("./mweA.R")，我不会收到错误。或来源任何其他非依赖 R脚本。

希望您必须在 block 中指定一个(或多或少) secret 参数来解决所有这些问题。我真的很难使用 Rmarkdown 的代码块，而且我通常不清楚错误是什么。这主要是让我无法从 latex 切换。至 RMarkdown ...

Answer 1

您遇到的问题与 knitr 无关或者能够正确嵌套文档，但它是 R 项目的产品 "working directory insanity"一个面对rmarkdown将相对于文件目录而不是项目根目录编织文档。这会导致不同的相对路径，具体取决于文档是在项目 session 中运行还是在 knitr 中运行。 session 。

除了要点，this issue显示了许多解决方法:

knitr 特定 :

为所有要评估的 block 设置一个根目录，而不是文档位置。

opts_knit$set(root.dir = '/Users/username/path_to_project')

一般案例 :

使用 rprojroot 或 here (后者是前者的包装)，它使用 several criteria确定文件的顶级目录。你不需要使用 RStudio 项目来工作。

使用 here::here 调用对另一个本地文件的任何引用无论调用它的子目录如何，它将解析到相同的位置。

source(here("functions.R"))
source(here("subdirectory", "DataDependency.R"))
source(here("subdirectory2", "furtheranalyis.R"))

这可能是一个更好的解决方案，因为它不依赖 knitr选项。或者，您可以设置 root.dir使用 rprojroot 的 block :

opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())

前提是您使用的是 RStudio 项目。如果没有，请使用 rprojroot::find_root有一个特定的标准。