r - 从 R 中的 gam.check 中提取 p 值

Question

当我跑 gam.check(my_spline_gam) ，我得到以下输出。

Method: GCV   Optimizer: magic
Smoothing parameter selection converged after 9 iterations.
The RMS GCV score gradiant at convergence was 4.785628e-06 .
The Hessian was positive definite.
The estimated model rank was 25 (maximum possible: 25)
Model rank =  25 / 25 

Basis dimension (k) checking results. Low p-value (k-index<1) may
indicate that k is too low, especially if edf is close to k'.

         k'    edf k-index p-value
s(x) 24.000 22.098   0.849    0.06

我的问题是我是否可以将这个 p 值单独提取到表格中。

Answer 1

看起来您无法以正常方式将结果存储在对象中。您可以使用 capture.output将控制台输出存储在一个对象中，然后使用 str_split以获得正确的值。因此，对于帮助文件中的示例，这将是:

library(mgcv)
set.seed(0)
dat <- gamSim(1,n=200)
b <- gam(y~s(x0)+s(x1)+s(x2)+s(x3),data=dat)
r <- capture.output(gam.check(b))
p <- strsplit(r[12], " ")[[1]][11]

但是因为 p 值只是一个字符串，所以您不会以这种方式获得确切的 p 值。

编辑:user20650的回答会给你正确的输出:

r <- k.check(b)
r[,'p-value']