r - 为什么 R 中的 heatmap.2 无法读取数字数据框？

Question

我有以下数据

GOBPID  Term    col1 col2 col3 col4 col5
GO:0001659  temperature_homeostasis 3.49690559977475    0   0   0   0
GO:0001660  fever_generation    3.22606939096511    0   0   0   0

我试图用 heatmap.2 函数读取它:

library("gplots")
dat <- read.table("http://dpaste.com/1486837/plain/",header=TRUE)
dat   <- dat[,!names(dat) %in% c("GOBPID")];
dat2 <- dat[,-1]
rownames(dat2)<-dat[,1]
heatmap.2(dat2,symm=FALSE,trace="none");

根据我的理解，它应该正确读取 data.frame。
但是为什么会失败呢？

Error in heatmap.2(dat, symm = FALSE, trace = "none") : 
  `x' must be a numeric matrix

更新:
我觉得很奇怪，因为这项工作，

library("gplots")
round(Ca <- cor(attitude), 2)
heatmap.2(Ca, symm = FALSE, margins = c(6,6)) 

Ca的结构和我的 dat2 一样， 不？

Answer 1

功能 heatmap.2()期望 x 将是数字矩阵。所以你需要转换你的数据框dat2到矩阵函数 as.matrix() .

heatmap.2(as.matrix(dat2),symm=FALSE,trace="none")