解决在 Travis 构建中失败的 rgdal 包

Question

我用过 rgdal我 Travis 中的 R 包成功构建了大约一年，几乎没有问题。

随着最近部署 rgdal 的 1.4-2 版- 以前通过 - 构建开始失败并显示消息

In file included from inverser.c:5:0:   
/tmp/Rtmpysf7it/R.INSTALL748c54b7a89/rgdal/inst/include/projects.h:150:33: 
error: conflicting types for ‘projUV’  typedef struct { double u, v; } projUV;
                                 ^ 
In file included from inverser.c:3:0: /usr/include/proj_api.h:54:37:
 note: previous declaration of ‘projUV’ was here
     typedef struct { double u, v; } projUV;

我不确定“旧” proj_api.h 来自哪里以及如何在 Travis 环境中删除它。

我的 travis.yml 配置如下:

language: r
dist: trusty
sudo: false

cache:
  packages: yes

r_packages:
  - testthat
  - roxygen2
  - covr

addons:
  apt:
    packages:
      - gdal-bin
      - proj-bin
      - libgdal-dev
      - libgdal1-dev
      - libproj-dev
      - libgeos-dev
      - r-cran-ncdf4
      - libv8-3.14-dev
      - libprotobuf-dev
      - protobuf-compiler
      - libudunits2-dev
      - libnetcdf-dev
      - libjq-dev

before_install:
    - sudo add-apt-repository -y ppa:ubuntugis/ubuntugis-unstable
    - sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/jq
    - sudo apt-get --yes --force-yes update -qq

after_success:
  - Rscript -e 'covr::coveralls()'

非常感谢有关如何解决此问题的任何建议

Answer 1

只是为了澄清如何告诉 Travis 从 R-Forge 安装，正如 Edzer 和 Roger 所建议的那样。我相信您可以在 .travis.yml 的任何地方添加以下内容:

repos: 
  CRAN: https://cran.rstudio.com
  rforge: http://R-Forge.R-project.org

见 Travis R configuration docs详情。

或者，您可以在 before_install 中逐字运行 R 命令。块，像这样:

before_install:
  - R -e 'install.packages("rgdal", repos=c("http://R-Forge.R-project.org", "http://cran.rstudio.com"))'

如果不那么整洁，这可能会更明显一些。