r - 如何获取由R中的字符列表组成的一定长度的字符串的索引

Question

假设我有一个字符列表:['A','C','G','U'] 我想制作一定长度的字符串，假设为 5 .

据此，我可以将此长度的每个字符串表示为字典顺序中的索引。例如，AAAAA 为 1，AAAAC 为 2，...，AAACA 为 5，等等...

我的问题是，给定这个长度的任意字符串，比方说 GUGAC，我如何使用 R 获取它的索引？ (在这种情况下，对于GUGAC，应该是738)

Answer 1

这里是一个以 4 为基数的编号系统。方法是将字母转成对应的4进制数，乘以4^n次幂级数求和。

string<-"GUGAC"

#Convert string to a vector of letters
strletters<-unlist(strsplit(string, ""))

#covert from letters to base counting (sequence is 0, 1, 2, 3, 10, 11 etc...)
facts<-factor(strletters, levels=c("A", "C", "G", "U"))
nums<-as.integer(facts)-1 

#create list of multipliers
multipliers<-4**((length(nums)-1):0)               

#sum of the multipliers* nums + 1 (typically start counting from 1 not 0)
sum(multipliers*nums)+1