r - 在 nlme 的 lme 中访问随机效应方差估计

Question

有没有办法在 nlme 包 lme 模型中获得随机项的方差？

Random effects:
 Formula: ~t | UID
 Structure: General positive-definite, Log-Cholesky parametrization
            StdDev     Corr  
(Intercept) 520.310397 (Intr)
t             3.468834 0.273 
Residual     31.071987

换句话说，在上面，我想得到 3.468834。

Answer 1

这没那么难； VarCorr 访问器方法正是为恢复此信息而设计的。它比应该的要难一点，因为 VarCorr 方法将方差-协方差作为字符矩阵而不是数字返回(我使用 storage.mode 转换为数字不丢失结构，suppressWarnings 忽略有关 NA 的警告)

library(nlme)
fit <- lme(distance ~ Sex, data = Orthodont, random = ~ age|Subject)
vc <- VarCorr(fit)
suppressWarnings(storage.mode(vc) <- "numeric")
vc[1:2,"StdDev"]
## (Intercept)         age 
##   7.3913363   0.6942889 

在您的情况下，您将使用 vc["t","StdDev"]。