R坐标值对成稀疏矩阵

Question

我在将我的数据集加载到 R 中的稀疏矩阵时遇到问题。我正在使用 Matrix 包。我拥有的数据采用 x y value 的形式。例如:

  V1 V2 V3
  1  2  .34
  7  4  .56
  4  5  .62

我想做的相当于

myMatrix[1,2] = .34
myMatrix[7,4] = .56 
myMatrix[4,5] = .62 

以自动化方式。

我想做这样的事情:

myMatrix = Matrix(nrow=numrows, ncol=numcols)
myMatrix[mydata[1:numrows, 1], mydata[1:numrows, 2]] <- mydata[1:numrows, 3]

但是当我需要一个数字矩阵时，这会使我的矩阵成为 lgeMatrix。

我也试过:

myMatrix = Matrix(nrow=numrows, ncol=numcols)
for(i in 1:numrows){
    myMatrix[mydata[i, 1], mydata[i, 2]] <- mydata[i, 3]
}

它创建了我想要的那种矩阵，但它花费的时间太长(超过 5 分钟)。我知道它有效，因为当我停止它时，我检查前几个值并且它们是正确的，但最后一个值是 NA。我正在处理一个 7095 x 5896 的矩阵，要输入 247158 个值，所以 for 循环是不可能的，除非我只是不耐烦。

我的问题是:在 R 中执行此操作的首选方法是什么？

更新:

我使用 sparseMatrix 解决了这个问题:

myMatrix = sparseMatrix(i = mydata[1:numrows,1], j = mydata[1:numrows,2],
                     x = mydata[1:numrows,3])

不理解另一个中的sparseMatrix 用法post

Answer 1

假设这是一个名为 dat 的数据框:

myMatrix = Matrix(0, nrow=10, ncol=10)
# Notice that you need to specify zero values to make it sparse.
myMatrix[cbind(dat$V1, dat$V2)] <- dat$V3
myMatrix
#--------------
10 x 10 sparse Matrix of class "dgCMatrix"

 [1,] . 0.34 . .    .    . . . . .
 [2,] . .    . .    .    . . . . .
 [3,] . .    . .    .    . . . . .
 [4,] . .    . .    0.62 . . . . .
 [5,] . .    . .    .    . . . . .
 [6,] . .    . .    .    . . . . .
 [7,] . .    . 0.56 .    . . . . .
 [8,] . .    . .    .    . . . . .
 [9,] . .    . .    .    . . . . .
[10,] . .    . .    .    . . . . .