R:计算嵌套列表的每个子列表中存在多少向量元素

Question

我正在处理 R 中的一些数据，并且有一个向量(例如基因列表)，我想知道该向量的多少成员出现在列表列表的子列表中(例如，在不同时间点表达的基因列表)。我可以通过检查 x[] %in% y[[]] 或 is.element(x[], y[[]]) 手动执行此操作，但我正在尝试弄清楚如何编写一个 R 函数来为我做这件事，因为我有一些这样的向量和长列表。这是一个玩具示例:

mylist <- list("Hr01" = c("G0295801", "G0295799", "G0293928", "G0293730", "G0293626", "G0293536", "G0293364", "G0291640", "G0291233", "G0290907"), "Hr02" =c ("G0295801", "G0295701", "G0295689", "G0293730", "G0293626", "G0293364", "G0293360", "G0293276", "G0293066", "G0292860", "G0292814", "G0292028", "G0292014", "G0291824"), "Hr03" = c("G0295701", "G0293364", "G0293276", "G0291714", "G0291253", "G0290405", "G0290259", "G0289553", "G0284885"))

checklist <- as.vector(c("G0290907", "G0295701", "G0270472", "G0283625", "G0284885"))

可以得到类似这样的输出(数据框，列:子列表的名称，checklist 的成员有多少出现在 mylist 的子列表中) :

"Hr01" 1
"Hr02" 1
"Hr03" 2

非常感谢任何帮助!

Answer 1

结合 lapply 和 rbind 应该可以做到。对于每个列表元素，您要计算 list 中子元素的数量，然后简单地将结果组合到一个矩阵中。

do.call(rbind, lapply(mylist, function(x) sum(x %in% checklist)))

     [,1]
Hr01    1
Hr02    1
Hr03    2