r - 如何在 igraph 中添加数据框作为具有匹配 id 的顶点属性？

Question

在 R 中，我有一个加权无向图作为 igraph 对象:

IGRAPH e7a8fac UNW- 306 2829 -- 
+ attr: name (v/c), label (v/c), nom (v/c), sigle (v/c), statut (v/c), champ (v/c), cp (v/c), info (v/c),  weight (e/n)
+ edges from e7a8fac (vertex names):
 [1] 3 --9  7 --13 7 --15 13--15 11--16 15--17 6 --18 13--20 15--20 20--21 6 --25 18--25 6 --28 10--28 15--28 17--28 18--28 20--28 25--28
[20] 23--30 15--31 17--31 28--31 6 --33 17--33 18--33 22--33 25--33 28--33 7 --34 13--34 15--34 17--34 16--35 34--36 15--37 18--37 20--37
[39] 25--37 28--37 13--43 17--43 18--43 25--43 28--43 33--43 34--43 11--44 13--44 20--44 23--44 30--44 31--44 34--44 40--45 13--47 43--47
[58] 44--47 13--48 15--48 16--48 17--48 20--48 28--48 31--48 34--48 37--48 44--48 45--48 21--54 13--58 34--58 44--58 48--58 10--61 15--61
+ ... omitted several edges

我使用另一个包 (tnet) 来计算几个指标。最后，我有一个包含 4 列的数据框:

     id degree strength degree_alpha
[1,]  1      0  0.00000     0.000000
[2,]  2      2  3.00000     2.449490
[3,]  3      1  2.00000     1.414214
[4,]  4      1  2.00000     1.414214
[5,]  5      0  0.00000     0.000000
[6,]  6     25 19.10897    21.856906

我想添加三列( degree 、 strength 、 degree_alpha )作为具有匹配 ID 的顶点属性(数据框中的列 id，igraph 中的属性 name)。

易图 set_vertex_attr似乎是要使用的工具，但我不知道如何让它通过数据框并且只向现有节点添加属性。

Answer 1

对我来说，我认为最简单的方法是:

使用 igraph::as_data_frame 将图转换为节点和边列表

如果您输入参数 what = 'both'，您实际上会得到一个数据框列表。

将数据合并到节点列表

使用更新的节点列表和边列表使用 graph_from_data_frame 重新创建图形

.

library(dplyr)

g <- make_graph('zachary') %>%
  set_edge_attr(., 'weight', value = runif(ecount(.), 1, 10)) %>%
  set_vertex_attr(., 'name', value = V(.) %>% as.numeric)

fake_data <- tibble(
  id = V(g) %>% as.numeric(),
  degree = degree(g),
  strength = strength(g)
)

df <- igraph::as_data_frame(g, 'both')

df$vertices <- df$vertices %>% 
  left_join(fake_data, c('name'='id'))

updated_g <- graph_from_data_frame(df$edges,
                                   directed = F,
                                   vertices = df$vertices)

如果您不想从数据格式来回转换，那么可以，您可以使用 set_vertex_attr .

遍历顶点向量 V(g)

您无法迭代顶点向量，您需要迭代所有顶点都具有的顶点属性。

将数据框过滤到与每个向量匹配的行

返回感兴趣的值

.

updated_g2 <- g %>%
  set_vertex_attr(., 
                  name = 'degree', 
                  index = V(g), 
                  value = sapply(V(g)$name, function(x){
                    fake_data %>%
                      filter(id == x) %>%
                      .$degree
                    })) %>%
  set_vertex_attr(., 
                  name = 'strength', 
                  index = V(g), 
                  value = sapply(V(g)$name, function(x){
                    fake_data %>%
                      filter(id == x) %>%
                      .$strength
                    }))