r - 旧脚本，新服务器，意外错误

Question

我有一个 R 脚本，它从 MySQL 数据库中提取数据，对其进行处理，创建多个图表和图形，将这些图形打印到文件中并将文件名作为字符串返回。它在我们的旧服务器(运行 R2.10.1 的 Solaris 10(32 位))上运行良好，但现在在我们的新服务器(运行 R2.12.1 的 Centos(64 位))上出错。

我不会发布整个脚本，因为它很长，而且大部分都运行良好。它仍然访问数据库，处理数据，创建图表和图形，并将它们打印到文件中。它只是不返回文件名。这是错误:

Error in save(exp, meta, MDist.median, redgrad.pal, colgrad.pal, phase_starts,  : 
  object âx.gcâ not found
Function brew returned an object of 'try-error'.

以下是脚本的部分内容:

<% 
Sys.umask(mode="0022")
fn=tempfile('z_')
fn.prof<-paste(fn,'prof',sep='.')
fn.data<-paste(fn,'txt',sep='.')
fn.r<-paste(fn,'rda',sep='.')
fn.graph=paste(fn,'pdf',sep='.')

library(Cairo)
library(rjson)
library(DBI)
library(RMySQL)
library(reshape)
library(plyr)
library('RColorBrewer')
library(ggplot2)
library(lattice)
library(latticeExtra)
library(hexbin)


exp_id<-ifelse(is.null(POST$exp_id),0,as.numeric(POST$exp_id))
group_id<-ifelse(is.null(POST$groupset_id),0,as.numeric(POST$groupset_id))
saveR<-ifelse(is.null(POST$saveR),FALSE,as.logical(POST$saveR))
control<-ifelse(is.null(POST$control),'rowH',as.character(POST$control))

#open connection to db
#process data
#format

#output

pdf(fn.graph,title=meta$exp_name)
dummy <- capture.output(print(plist)) #expensive: 3.56s
print(dists.med.areaplot) #expensive: 5.67s
print(dists.med.lplot)
dev.off()

####HERE IS PROBLEM####
save(exp, meta, MDist.median, 
        redgrad.pal, colgrad.pal, 
        phase_starts, voi, plist, 
        grect, nogrid, dists.med.areaplot, dists.med.lplot,x.gc, file=fn.r )


#return filenames to calling script
cat(toJSON(list('filename'=fn.data, 'graph_pdf'=fn.graph,'rfile'=fn.r)))
%>

想法？

预计到达时间:

归结为新服务器上的 LOCALE 设置与旧服务器不同。错误消息应该是: object "x.gc" not found .我找到了冒犯的对象并严厉地对它说话。问题解决了(有清晰的错误信息真的很有帮助!)

Answer 1

原来的海报已经回答了这个问题。这个问题可以标记为已回答。