bash - 使用 samtools 提取两个配偶都未映射的未映射读取？

Question

我正在尝试确定提取未映射读数的最佳方法，其中一对中的两个配偶都没有映射。目前，我的代码似乎只是提取所有未映射的读取，而不管它们的伴侣如何。我不确定如何解决这个问题，因为我已经在使用 -f 选项来提取未映射的读取。我会再做一次 samtools View 的迭代吗？

samtools view -@ 4 -buh -f4 sample${r}_pe.remove.sam > sample${r}_pe.unmapped.bam

Answer 1

要仅提取读取 1 未映射且读取 2 未映射(= 两个配偶都未映射)的读取:

samtools view -b -f12 input.sam > output.both_mates_unmapped.bam

在这里，选项是: -b - 输出 BAM， -f12 - 过滤器仅读取标志:4(读取未映射)+ 8(配对未映射)。
另见:
解码 SAM 标志: https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html