r - IPython 笔记本和 rmagic/rpy2 : cannot find module ri2py (OSX 10. 8.5、python 2.7、R 3.1)

Question

我正在尝试为 IPython 笔记本使用 rmagic 扩展，通过 Enthought Canopy 使用 Python 2.7.6。

当我尝试以下示例时:

import numpy as np  
import pylab  
X = np.array([0,1,2,3,4])  
Y = np.array([3,5,4,6,7])  
pylab.scatter(X, Y)

%Rpush X Y  
%R lm(Y~X)$coef  

我收到一个错误:

AttributeError                            Traceback (most recent call last)  
<ipython-input-7-96dff2c70ba0> in <module>()
      1 get_ipython().magic(u'Rpush X Y')
----> 2 get_ipython().magic(u'R lm(Y~X)$coef')
…  

/Users/hrob/Library/Enthought/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/IPython/extensions/rmagic.pyc in eval(self, line)  
    212             res = ro.r("withVisible({%s})" % line)  
    213             value = res[0] #value (R object)  
--> 214             visible = ro.conversion.ri2py(res[1])[0] #visible (boolean)  
    215         except (ri.RRuntimeError, ValueError) as exception:  
    216             warning_or_other_msg = self.flush() # otherwise next return seems to have copy of error  

AttributeError: 'module' object has no attribute 'ri2py'  

我找不到其他人遇到同样的问题并且不知道自己解决问题。但是，conversion.py 中没有 ri2py 的定义。
我最初安装了 Anaconda 并通过它运行 python notebook，结果完全相同。

rpy2(版本 2.4.0)安装成功，但是当我测试它时，我得到 1 个预期的失败，如下所示:

python -m 'rpy2.robjects.tests.__init__'  
…  
testNewWithTranslation (testFunction.SignatureTranslatedFunctionTestCase) ... expected failure

不知道有没有关系

任何人都可以建议问题可能是什么以及我如何解决它？我使用的 python、R 等版本是否兼容，或者我是否需要重新安装/更新某些内容？

Answer 1

您在使用 %load_ext rmagic ?

如果是这样，请尝试使用 %load_ext rpy2.ipython反而。

这是其中之一 new features在 2.4.0 版本中。