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R:列表列表中的newick树

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 09:15:49 24 4
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我正在努力从子列表中创建一个 newick 树。我有一个列表列表,其中列表名称是父名称,列表元素是子名称。这是一个例子:

$`825`
[1] 824

$`824`
[1] 823

$`823`
[1] 822

$`822`
[1] 821

$`821`
[1] 820 777

$`820`
[1] 819 816 789 787 785 783

$`789`
[1] 788

$`787`
[1] 786

$`785`
[1] 784

$`783`
[1] 782

$`777`
[1] 776

因此我想要的输出是 newick 格式的 phylo 树,如下所示:

825(824(823(822(821(820(819,816,789(788),787,785(784),783(782)),777(776)))))

最好的方法是什么?一种方法是编写一个递归函数,该函数按深度一阶遍历并创建树。但在 R 中,递归众所周知是不好的。

谢谢。

最佳答案

如果您正在寻找预装解决方案,我相信 bioconductor/ape 库有一个列表 -> newick 转换器

http://www.r-phylo.org/wiki/HowTo/InputtingTrees

否则,我刚才写了一些代码,用于邻居加入算法;它非常简洁(在紧迫的期限内写成),但也许会有所帮助。

https://github.com/rgrannell1/NJ/blob/master/main.R

希望能有所帮助

关于R:列表列表中的newick树,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/15826550/

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