r - 如何在 ggplot2 R 中创建 react 规范(按行加入)？

Question

我有以下数据，我想在两个时间点(t1，t2)上绘制物种 1 和物种 2 的“值”。我想创建一个图，其中使用 geom_points(不同颜色)可以看到每个物种的原始值。另外，我想使用相同颜色的更大尺寸显示平均值。
对于给定的物种，我想连接 t1 和 t2 处的平均值(也称为 react 范数)。所以在这个例子中，物种 1 的线应该向上倾斜，物种 2 的线应该保持不变。

我已经尝试了基本的 ggplot2，但我不知道如何添加线条并以更大的尺寸显示平均值。此外，出于某种原因，“填充”不会产生不同的颜色。

time <- c("t1","t1","t1","t1","t1","t1","t2","t2","t2","t2","t2","t2")
species <- c(1,1,1,2,2,2,1,1,1,2,2,2)
value <- c(1,2,3,11,12,13,4,5,6,11,12,13)

df <- data.frame(time, species,value)
df$time <- as.factor(df$time)
df$species <- as.factor(df$species)

ggplot(df,aes(x=time, y=value, fill = species)) + 
  theme_bw() + 
  geom_point() + 
  stat_summary(fun.y=mean, position = "dodge") + 
  stat_summary(geom="errorbar", fun.data= mean_cl_boot, width = 0.1, size = 0.2, col = "grey57") + 
  ylab("Fitness") 

Answer 1

如果我正在关注您想要获得的内容，那么这应该在您认为合适的情况下进行一些调整。基本技巧是设置 aes在每一层。我设置了color/group单独在每一层中，因为否则我很难让路径在时间之间而不是在时间之内出现。

所以第一个总结就是组间路径。第二个是误差条；正如我上面提到的，这是一种颜色，而不是填充。您之前在 aes 之外设置了颜色，无论您是否将颜色映射到变量，都使错误栏全部变灰。平均点的大小 (4) 比常规点 (2) 大。

library(ggplot2)

ggplot(df, aes(x = time, y = value)) +
  stat_summary(aes(group = species), fun.y = mean, geom = "path") +
  stat_summary(aes(color = species), fun.data = mean_cl_boot, geom = "errorbar", width = 0.1) +
  stat_summary(aes(color = species), fun.y = mean, geom = "point", size = 4) +
  geom_point(aes(color = species), size = 2)

创建于 2019-02-21 由 reprex package (v0.2.1)