R 包错误获取 ("rgeos"，envir = .MAPTOOLS_CACHE) : object 'rgeos' not found

Question

我是 R 及其包系统的新手，刚刚编写了我的第一个包，目的是将它与 OpenCPU 一起使用。

执行这个函数时:

#' Create a PNG which shows interpolated senseMap Data
#' 
#' @export
#' @import jsonlite
#' @import sp
#' @import gstat
#' @import rgeos
#' @import maptools
#' @param JSON

inteRidwTest <- function(input){
  ### JSON to data.frame ###
  oSeM_df <- input
  ### data.frame to spatialPointsDataFrame ###
  coordinates(oSeM_df) =~longitude+latitude
  ### adding CRS to the data ###
  proj4string(oSeM_df)="+proj=longlat +datum=WGS84"
  project_df=spTransform(oSeM_df, CRS("+proj=longlat +datum=WGS84")) 
  ### creating a bounding box ###
  bbox <- bbox(oSeM_df)
  ### creating a grid based on the bbox ###
  x.range <- as.numeric(c(floor(bbox[1]), ceiling(bbox[3]))) # min/max longitude of the interpolation area
  y.range <- as.numeric(c(floor(bbox[2]), ceiling(bbox[4])))# min/max latitude of the interpolation area  
  grd <- expand.grid(x = seq(from = x.range[1], to = x.range[2], by = 0.1), y = seq(from = y.range[1], to = y.range[2], by = 0.1))
  coordinates(grd) <- ~x + y
  gridded(grd) <- TRUE
  grdSp <- as(grd, "SpatialPolygons")
  ### adding CRS to grid ###
  proj4string(grdSp)="+proj=longlat +datum=WGS84"
  grd_df=spTransform(grdSp, CRS("+proj=longlat +datum=WGS84")) 
  ### setting up basegrid for the png ###
  grdSp.union <- unionSpatialPolygons(grd_df, rep("x", length(slot(grd_df,"polygons"))))
  llGRD <- GE_SpatialGrid(grdSp.union)
  llGRD_in <- over(llGRD$SG, grdSp.union)
  llSGDF <- SpatialGridDataFrame(grid = slot(llGRD$SG,"grid"), proj4string = CRS(proj4string(llGRD$SG)), data = data.frame(in0 = llGRD_in))
  llSPix <- as(llSGDF, "SpatialPixelsDataFrame")
  ### IDW ###
  llSPix$pred <- idw(value ~ 1, oSeM_df, llSPix)$var1.pred
  return(llSPix$pred)
#   ### create the png ###
#   png(file = "idw.png", width = llGRD$width,height = llGRD$height, bg = "transparent")
#   par(mar = c(0, 0, 0, 0), xaxs = "i", yaxs = "i")
#   image(llSPix, "pred", col = bpy.colors(20, alpha=0.7))
#   dev.off()
}

使用此输入:https://gist.githubusercontent.com/mdragunski/643a8557a4a0e37d30a1/raw/02d26c3ce83ee0c0c704b7c53984c640002c331f/oSeM-Data-processed.json

抛出以下错误:

OpenCPU error HTTP 400 object 'rgeos' not found

In call: get("rgeos", envir = .MAPTOOLS_CACHE)

尝试在本地使用此包和函数时抛出相同的错误。如果在我的 inteRsense 包之前安装并添加了 rgeos 包，它会按预期工作。

错误似乎与我的包导入的 rgeos 和 maptools 包有关，我想在使用我的包时更改这些包的导入顺序。但我不知道如何在 NAMESPACE 文件中执行此操作:

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

export(helloWorld)
export(inteRidw)
export(inteRidwTest)
import(gstat)
import(jsonlite)
import(maptools)
import(rgeos)
import(sp)

所以我想我的问题是:如何更改 R 包中的 NAMESPACE 文件？但我真的很感激任何帮助。

Answer 1

如何更改R包中的NAMESPACE文件？

要更改 R 包中的 NAMESPACE 文件，您必须:

1. 从可用来源(如 maptools package link)下载包源 *.tar 或 *.zip
2. 编辑 NAMESPACE 文件并添加一行说明要导入的包或函数/包
3. 编辑 DESCRIPTION 文件并将包添加到 'depends' 或 'imports' 字段
4. 重新构建包

问题是更改将是本地的，您必须自己分发修改后的包。

在这种情况下，也许最好的解决方案是联系软件包的维护者，看看是否可以解决问题并更新 cran 存储库中的软件包。

但是我遇到了同样的问题。我收到此错误:

Error in get("rgeos", envir = .MAPTOOLS_CACHE) : object 'rgeos' not found

当我正在开发的包调用 maptools 函数“unionSpatialPolygons”时。我正在处理的包同时导入了 maptools 和 rgeos 包，但仍然失败。如果用户手动加载 maptools 包，则一切正常。

所以另一个临时解决方案是在加载包后加载 maptools 包。

更新

我编辑了我正在处理的包的 DESCRIPTION 文件。我将“maptools”包从“imports”字段移到了“depends”字段，问题似乎消失了!