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首先,这可能是这个问题的错误论坛,因为它非常适合 R+Bioconductor。这是我所拥有的:
library('GEOquery')
GDS = getGEO('GDS785')
cd4T = GDS2eSet(GDS)
cd4T <- cd4T[!fData(cd4T)$symbol == "",]
gene_symbols = factor(fData(cd4T)$Gene.symbol)
length(gene_symbols)-length(levels(gene_symbols))
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最佳答案
我不是专家,但根据我多年来所见,每个人都有自己最喜欢的组合探针组的方式。我见过的大规模使用最多的两种方法是仅使用在表达式矩阵中具有最大方差的探针集,另一种是取探针集的平均值并从中创建元探针集.对于较小的探针组,我看到人们使用更密集的方法,包括查看每个探针图来了解正在发生的事情……通常情况是一个探针组结果是“好”的一个,而休息不是很好。
我还没有看到通用的代码来做这件事——作为一个例子,我们最近在我的实验室中意识到,我们中的一些人有自己的私有(private)函数来做同样的事情。
关于R + 生物导体 : combining probesets in an ExpressionSet,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/2775231/
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我是一名优秀的程序员,十分优秀!