r - Rmarkdown : Missing verbose info when using render() 中的插入符号多平行

Question

我有以下简单的例子 Rmarkdown文件(test.Rmd):

---
title: "Test Knit Caret Paralell VerboseIter"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

require(caret)
require(doParallel)


```

## data

```{r data}

set.seed(998)
training <- twoClassSim()

```

## model

```{r fitmodel}
fitControl <- trainControl(
  method = "repeatedcv",
  number = 3,
  repeats = 2,
  verboseIter = T)


ncores <- detectCores()-1

cl <<- makePSOCKcluster(ncores, verbose = TRUE, outfile = "")
registerDoParallel(cl)

set.seed(825)
Fit <- train(Class ~ ., 
             data = training, 
             method = "nnet", 
             trControl = fitControl,
             trace = FALSE
)
stopCluster(cl)
registerDoSEQ()
```

## results

```{r results}
Fit
```

我有几个选项可以运行此代码或编织文档

在 Rstudio 中使用“运行所有块”

使用 Knit Rstudio 中的按钮

Knit带有 render("test.Rmd") 的文档

发生以下情况

迭代时不会在输出或控制台中打印任何信息

信息打印在 R markdown 中面板

控制台中未打印任何信息

在我从事的项目中，我想 knit具有不同参数的文档，所以我想使用最后一个选项。不过我也想看看拟合模型的进展。因此我想使用选项 3。

呈现文档时，如何获取在控制台中打印的迭代信息？

这是我想看到的预期输出:

+ Fold1.Rep1: size=1, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=5, decay=0e+00 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=3, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=5, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=5, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-01 
+ Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-04 
- Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-01 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-04 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-04 
etc.

Answer 1

这可能会产生您正在寻找的内容，改编自 here ，当您使用 knit 时，它基本上会复制rstudio 中的按钮, 产生来自 train 的详细信息，但是使用此方法您应该能够传入 parameters至 render .只需将路径更改为 wd您的 rmd文件

owd = setwd("path/to/your-Rmd-directory")
system2("Rscript", c("-e", shQuote("library(rmarkdown); render('test.Rmd')"),
            system2("html", "test.html"),
            setwd(owd)))