snakemake - 在 cluster.yaml 文件中访问 jobid

Question

我正在尝试为集群上运行的 snakemake 工作流日志使用不同的目录。因此，我的 cluster.yaml 文件如下所示:

__default__:
    time: 5:00:00
    threads: 5
    vmem: 10G
    #stderr: logs/snakejob.{rule}.{wildcards.sample}.{jobid}.err
    stdout: logs/snakejob.{rule}.{wildcards.sample}.{jobid}.out

# custom parameters for each rule

但是，此配置会产生此错误:

NameError: The name 'jobid' is unknown in this context. Please make sure that you defined that variable. Also note that braces not used for variable access have to be escaped by repeating them, i.e. {{print $1}}

因为我想将 jobid 保留在 stdout 文件中(就像在默认值中一样)，我该如何访问它？

非常感谢，

多梅尼科

Answer 1

我假设您指的是集群作业调度程序提供的作业 ID。对于 LSF ，可以使用 %J 和 SLURM 获得作业 ID , 它是 %j。所以你的 LSF 配置是:

stdout: logs/snakejob.{rule}.{wildcards.sample}.%J.out