r - 按行号将数据框拆分为数据框列表

Question

我有一个具有可变数量或行的数据框，并希望将其按附近的行组拆分为数据框列表(或只是多个 dfs)。应该分组在一起的附近行可以通过变量列来理解，其中每个组由数字上彼此相邻的样本组成。例如:第 1-9 行是一组，第 10-12 行是第 2 组，等等。变量列中内容的确切身份将与黑白数据集不一致。
这是df:

> conseq_high
   variable 6 7 8 9 10 11 12 13 14 position rnum
1    pep_14 L L L L  Q  L  S  C  S        3    1
2    pep_15 L L L Q  L  S  C  S  Y        4    2
3    pep_16 L L Q L  S  C  S  Y  A        5    3
4    pep_17 L Q L S  C  S  Y  A  G        6    4
5    pep_18 Q L S C  S  Y  A  G  Q        7    5
6    pep_19 L S C S  Y  A  G  Q  F        8    6
7    pep_20 S C S Y  A  G  Q  F  R        9    7
8    pep_21 C S Y A  G  Q  F  R  V       10    8
9    pep_22 S Y A G  Q  F  R  V  I       11    9
10  pep_136 E L K V  E  D  P  F  Y       19   10
11  pep_137 L K V E  D  P  F  Y  W       20   11
12  pep_138 K V E D  P  F  Y  W  V       21   12
13  pep_164 V S V G  L  V  F  L  F       26   13
14  pep_165 S V G L  V  F  L  F  L       27   14
15  pep_166 V G L V  F  L  F  L  Q       28   15
16  pep_175 H R L R  G  K  L  R  A       30   16
17  pep_176 R L R G  K  L  R  A  E       31   17
18  pep_223 Y N W L  H  R  R  L  A       36   18
19  pep_224 N W L H  R  R  L  A  G       37   19

我尝试获取必须按以下方式分组的每组行中最后一行的位置:

#subset out individual groups of peptides
as_vector(conseq_high$position) -> seq2
xy1 <- c(diff(seq2),0)  
which(xy1 !=1) -> grp_ids #these are the ending positions of each group of peptides

>  grp_ids
[1]  9 12 15 17 19

从这里开始，我遇到了实际分割出我想要的行组的问题。我尝试使用拆分和拼接但没有成功。有什么建议？
提前致谢!

Answer 1

我们可以用 cumsum 创建一个分组索引基于 diff 创建的逻辑向量“位置”中的相邻元素不是连续的，即差异不等于 1

lst1 <-  split(conseq_high, cumsum(c(TRUE, diff(conseq_high$position) != 1)))

-输出

lst1
#$`1`
#  variable X6 X7 X8 X9 X10 X11 X12 X13 X14 position rnum
#1   pep_14  L  L  L  L   Q   L   S   C   S        3    1
#2   pep_15  L  L  L  Q   L   S   C   S   Y        4    2
#3   pep_16  L  L  Q  L   S   C   S   Y   A        5    3
#4   pep_17  L  Q  L  S   C   S   Y   A   G        6    4
#5   pep_18  Q  L  S  C   S   Y   A   G   Q        7    5
#6   pep_19  L  S  C  S   Y   A   G   Q   F        8    6
#7   pep_20  S  C  S  Y   A   G   Q   F   R        9    7
#8   pep_21  C  S  Y  A   G   Q   F   R   V       10    8
#9   pep_22  S  Y  A  G   Q   F   R   V   I       11    9

#$`2`
#   variable X6 X7 X8 X9 X10 X11 X12 X13 X14 position rnum
#10  pep_136  E  L  K  V   E   D   P   F   Y       19   10
#11  pep_137  L  K  V  E   D   P   F   Y   W       20   11
#12  pep_138  K  V  E  D   P   F   Y   W   V       21   12

#$`3`
#   variable X6 X7 X8 X9 X10 X11 X12 X13 X14 position rnum
#13  pep_164  V  S  V  G   L   V   F   L   F       26   13
#14  pep_165  S  V  G  L   V   F   L   F   L       27   14
#15  pep_166  V  G  L  V   F   L   F   L   Q       28   15

#$`4`
#   variable X6 X7 X8 X9 X10 X11 X12 X13 X14 position rnum
#16  pep_175  H  R  L  R   G   K   L   R   A       30   16
#17  pep_176  R  L  R  G   K   L   R   A   E       31   17
#$`5`
#   variable X6 X7 X8 X9 X10 X11 X12 X13 X14 position rnum
#18  pep_223  Y  N  W  L   H   R   R   L   A       36   18
#19  pep_224  N  W  L  H   R   R   L   A   G       37   19

数据

conseq_high <- structure(list(variable = c("pep_14", "pep_15", 
   "pep_16", "pep_17", 
"pep_18", "pep_19", "pep_20", "pep_21", "pep_22", "pep_136", 
"pep_137", "pep_138", "pep_164", "pep_165", "pep_166", "pep_175", 
"pep_176", "pep_223", "pep_224"), X6 = c("L", "L", "L", "L", 
"Q", "L", "S", "C", "S", "E", "L", "K", "V", "S", "V", "H", "R", 
"Y", "N"), X7 = c("L", "L", "L", "Q", "L", "S", "C", "S", "Y", 
"L", "K", "V", "S", "V", "G", "R", "L", "N", "W"), X8 = c("L", 
"L", "Q", "L", "S", "C", "S", "Y", "A", "K", "V", "E", "V", "G", 
"L", "L", "R", "W", "L"), X9 = c("L", "Q", "L", "S", "C", "S", 
"Y", "A", "G", "V", "E", "D", "G", "L", "V", "R", "G", "L", "H"
), X10 = c("Q", "L", "S", "C", "S", "Y", "A", "G", "Q", "E", 
"D", "P", "L", "V", "F", "G", "K", "H", "R"), X11 = c("L", "S", 
"C", "S", "Y", "A", "G", "Q", "F", "D", "P", "F", "V", "F", "L", 
"K", "L", "R", "R"), X12 = c("S", "C", "S", "Y", "A", "G", "Q", 
"F", "R", "P", "F", "Y", "F", "L", "F", "L", "R", "R", "L"), 
    X13 = c("C", "S", "Y", "A", "G", "Q", "F", "R", "V", "F", 
    "Y", "W", "L", "F", "L", "R", "A", "L", "A"), X14 = c("S", 
    "Y", "A", "G", "Q", "F", "R", "V", "I", "Y", "W", "V", "F", 
    "L", "Q", "A", "E", "A", "G"), position = c(3L, 4L, 5L, 6L, 
    7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 19L, 20L, 21L, 26L, 27L, 28L, 30L, 
    31L, 36L, 37L), rnum = 1:19), class = "data.frame", 
    row.names = c("1", 
"2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", 
"14", "15", "16", "17", "18", "19"))