r - 将额外的参数传递给 stat 函数

Question

我正在学习 R 和 ggplot2。根据说明，geom 和 stat 通常可以互换，因为 geom 具有默认 stat，而 stat 具有默认 geom。
我的练习是以 3 种方式创建绘图:使用 stat、手动和使用 geom_pointrange .我被困在第三部分:

library("tidyverse")

# With stat_summary
ggplot(data = diamonds) +
  stat_summary(
    mapping = aes(x = cut, y = depth),
    fun.min = min,
    fun.max = max,
    fun = median
  )

# Manually
diamonds_summary = diamonds %>% 
  group_by(cut) %>% 
  summarize(p = median(depth), lower = min(depth), upper = max(depth))

ggplot(diamonds_summary) +
  geom_pointrange(
    mapping = aes(x = cut, y = p, ymin = lower, ymax = upper)
  )

# With geom_pointrange and stat
ggplot(data = diamonds) +
  geom_pointrange(
    mapping = aes(x = cut, y = median(depth)),
    stat = "summary"
  )
# Warning: No summary function supplied, defaulting to `mean_se()`

如何将两个汇总函数(最小值和最大值)传递给 stat 标识的函数参数？
所有三种解决方案都应产生以下输出:

Answer 1

当您指定时 stat="summary" ，它仍然需要知道如何总结你的值(value)观。默认是使用带有标准误差的平均值。但是您需要具有最小值和最大值的中位数。您可以编写自己的汇总函数

median_min_max <- function(x) {
  data.frame(y=median(x), ymin=min(x), ymax=max(x))
}

然后通过 fun.data= 将其传递到您的 pointrange 层范围。

ggplot(data = diamonds) +
  geom_pointrange(
    mapping = aes(x = cut, y = depth),
    stat = "summary", fun.data = median_min_max
  )

这将为您提供一个与您根据汇总数据创建的图相匹配的图。 ggplot确实有 median_hilow汇总函数，但使用 Hmisc::smedian.hilow使用基于置信区间而不是最小值/最大值的分位数的函数。