image-processing - 使用 FSL 对 fMRI 图像进行下采样

Question

我有一组 fMRI 图像。一组的维度为 90 x 60 x 12 x 350，体素维度为 1 x 1 x 1 毫米(350 卷)。另一组的维度为 80 x 35 x 12 x 350，体素维度为 0.2 x 0.2 x 0.5 mm。我使用其中一张图像作为引用图像进行注册。由于分辨率不同，注册失败(调情)。所以我必须先下采样或上采样。我尝试了以下方法:

调情输入 input_image\
-ref good_size_image\
-out output_image\
-applyxfm\
-init/usr/share/fsl/5.0/etc/flirtsch/ident.mat

这不起作用，不适用于下采样和上采样。

我应该如何进行正确的下采样/上采样？

Answer 1

如果我理解正确，那么您的图像的空间范围为 (a) 9 x 6 x 1.2 cm^3 和 (b) 1.6 x 0.7 x 0.6 cm^3？这些都很小而且很不一样。我可以想象，如果图像 2 覆盖了图像 1 的一个非常特定的子区域(因为它小得多)，您可能需要给出一个很好的初始估计以获得正确的结果。

如果 input_image有尺寸 (b)和 good_size_image有尺寸 (a)然后通过电话

flirt -in input_image 
      -ref good_size_image 
      -out output_image 
      -applyxfm 

(在这种情况下， init 选项不是绝对必要的)，

您的输出将是在更大的体素中显示更小的空间的图像。我假设输出图像将具有引用图像的大小(这是引用图像的想法)，但其中大部分都是空的。切换 (a)和 (b)没有意义，因为引用图像的空间只能覆盖输入的一小部分。您需要先注册。

您可能想尝试使用选项 applyisoxfm它将图像重新采样为给定大小的立方体素。

flirt -in small_image -ref small_image -out small_1mm -applyisoxfm 1

将覆盖空间 (b) 的图像重新采样为 1x1x1 mm^3。同样，这可能是对如此小的空间粗化了分辨率。也许将两个图像重新采样为 0.5 mm 各向同性，然后注册？

对于这些问题 FSL mailing list是一个更好的
寻求帮助的地方。