cluster-analysis - 将簇的 ELKI DBSCAN 凸包写入文件

Question

我已经开始使用ELKI进行数据分析，但是一件看似简单的事情我似乎做不到，那就是在运行DBSCAN后将计算出的簇的凸包输出到一个文件中。我可以通过可视化图形用户界面可视化凸包，但无法生成 KML 文件。我还可以将聚类结果写入文件夹(使用 ResultWriter 结果处理程序)，但是当我设置 KMLOutputHandler 时没有生成文件。我在日志窗口中没有收到任何错误消息(即使 verbose 参数设置为 true)。

在 ELKI 中生成 KML 文件有技巧吗？任何人都可以完成执行此操作的步骤吗？

如有任何帮助，我们将不胜感激。

(顺便说一句，是否可以使用 ELKI 为 DBSCAN 结果生成 alpha 形状？如果可以，必须调整哪个参数？)

Answer 1

所以这实际上是一个问题很多...

1. Cunvex hulls:它们在 ELKI 中用于可视化，但不被视为输出结果的一部分，因此不会保存到文件中。您可以使用的一个技巧是将可视化保存为 SVG 并从此文件中提取它们，但它们将位于不同的坐标系中。

   其中一个原因是凸包仅针对 2D 欧几里得空间实现 - 我想你想将它用于空间数据，但由于曲率，它实际上可能不会返回正确的凸包地球表面。此外，许多数据集将具有更高的维度。

   不过，您当然可以查看源代码并调用凸包算法，然后将结果写入您喜欢的输出格式。一般来说，就像您需要花时间进行预处理一样，您还需要自定义输出。

2. 这让我想到了第二个问题。 KMLResultHandler 与 ELKI 0.4.0 的发布密切相关:Spatial Outlier Detection: Data, Algorithms, Visualizations。这几乎总结了此类的作用:可视化空间异常值检测。例如，它目前(还)不包括可视化空间数据集群的代码。不幸的是，为了从类中获得输出，您需要确保一些限制。本质上，如果它找到可以相互映射的 Polygon 关系和 OutlierResult，它会将其输出到 KML。它还不是可以将任意结果写入 KML 的类。它可能也需要更多的文档。更通用的输出工具的贡献将不胜感激；但是可定制的、自动的、通用的 KML 输出真的很难做到。特别是，如果有人不处理纬度-经度数据，但例如，您可能最终还必须包括投影功能。 UTM 投影数据。因此，我建议查看该类的源代码并根据您的需要对其进行自定义。在我看来，KML 可视化始终需要大量自定义。

3. 要生成 alpha 形状(仅外壳，而不是扩展的 alpha 形状 - DBSCAN 的最佳可视化可能只包含核心点的 alpha 形状，扩展半径为 epsilon，然后应该包括边界点。这在愿望 list 上，但未实现)，您只需将 -hull.alpha 参数设置为所需的 alpha 值。请注意，这发生在可视化投影中，而不是原始数据中。如果坐标轴的缩放比例不同，则 alpha 形状看起来会有所不同。同样，您可能对在原始数据向量上使用 AlphaShape 类感兴趣，而不是导出投影的可视化效果。然后，您可以轻松地将生成的 Polygon 写入您的自定义可视化。

如果您使用集群的 alpha 形状(或凸包)实现这样的 KML 可视化，如果您能将其贡献给 ELKI 以使其也可供其他人使用，我将不胜感激。谢谢。