r - 在 R 中，我可以过滤至少 1 个值满足阈值的所有列

Question

您好，这是我的第一篇文章-(不确定我是打算在这里发帖还是在 github 上发帖)。我对这一切都很陌生。
我想保留至少一个值高于我设置的截止值(在这种情况下为 2)的行。我已经在我的示例中实现了这一点(分子 d 被删除)，但我想有更好的方法，尤其是如果我有很多样本。
有没有办法选择除第一列之外的所有列并应用于表格的其余部分？
我试图通过删除所有样本中较低的内容来清理我的数据。
我认为通过删除所有低于 2 的行可以获得相同的结果？

> marker = c('a','b','c','d','e')
> sample1 = c(100,55,43,1.5,89)
> sample2 = c(98,45,22,1,0.5)
> sample3 = c(89,45,65,0.5,67)
> data = data.frame( 'Molecule' = marker, 'sam1' = sample1, 'sam2'= sample2, 'sam3' = sample3)
> data
  Molecule  sam1 sam2 sam3
1        a 100.0 98.0 89.0
2        b  55.0 45.0 45.0
3        c  43.0 22.0 65.0
4        d   1.5  1.0  0.5
5        e  89.0  0.5 67.0

> limit = 2
> data %>% filter(.[2] >limit | .[3] > limit | .[4] > limit)
  Molecule sam1 sam2 sam3
1        a  100 98.0   89
2        b   55 45.0   45
3        c   43 22.0   65
4        e   89  0.5   67

谢谢

Answer 1

与 filter_at ，这是可以做到的。在新版dplyr ，还有across ，但它会寻找 all而不是 any ( | )。指定感兴趣的列，如果列名模式都是 starts_with 'sam'，遍历这些，将逻辑表达式包装在 any_vars 中

library(dplyr)
data %>% 
  filter_at(vars(starts_with('sam')),  any_vars(. > limit))

-输出

#    Molecule sam1 sam2 sam3
#1        a  100 98.0   89
#2        b   55 45.0   45
#3        c   43 22.0   65
#4        e   89  0.5   67

或者用 rowSums 创建一个逻辑向量在 base R

data[rowSums(data[startsWith(names(data), 'sam')] > limit) > 0,]