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我正在使用 R 编程语言并正在学习 kohonen
按以下方式打包 this tutorial . kohonen
R 包允许用户运行 Kohonen Networks(也称为 SOM - 自组织 map ),这是一种用于数据可视化的无监督机器学习算法。
我运行了以下代码并生成了以下图:
#load libraries
library(kohonen) #fitting SOMs
library(RColorBrewer) #colors, using predefined palettes
#process data
iris_complete <-iris[complete.cases(iris),] #only complete cases... the iris dataset floats around in the sky with diamonds.
iris_unique <- unique(iris_complete) # Remove duplicates
iris.sc = scale(iris_unique[, 1:4])
#run the SOM
iris.grid = somgrid(xdim = 10, ydim=10, topo="hexagonal", toroidal = TRUE)
set.seed(33) #for reproducability
iris.som <- som(iris.sc, grid=iris.grid, rlen=700, alpha=c(0.05,0.01), keep.data = TRUE)
#make plots (3 different plots)
plot(iris.som, type="count")
plot(iris.som, type="dist.neighbours",
palette.name=grey.colors, shape = "straight")
var <- 1 #define the variable to plot
plot(iris.som,
type = "property",
property = getCodes(iris.som)[,var],
main=colnames(getCodes(iris.som))[var],
palette.name=terrain.colors)
som()
kohonen 包(
https://www.rdocumentation.org/packages/kohonen/versions/2.0.19/topics/som )中的函数,似乎可以确定哪个观测属于哪个圆:
#determine which circle each observation belongs to
a = iris.som$unit.classif
#pull the original data
b = iris.som$data
#combine both of them into one frame
c = rbind(a,b)
但我不确定是否可以将这些数字“叠加”到相应的圆圈上。有谁知道这是否可以做到?
iris_unique$ID <- seq_along(iris_unique[,1])
plot(iris.som, type="mapping", bg = rgb(colour4), shape = "straight",
border = "grey", labels = iris_unique[,6])
或者:
library(plotly)
plot1 = plot(iris.som, type="mapping", bg = rgb(colour4), shape = "straight",
border = "grey", labels = iris_unique[,6])
plotly_plot = ggplotly(plot1)
但我不认为这是正确的。
最佳答案
您可以在 iris.som$grid$pts
中找到每个圆或六边形的中心坐标。 .将标签放在坐标上的一种方法是使用 dimnames()
为每个圆指定一个名称。 ,然后使用 text()
将名称指定为相应圆坐标上的标签.
iris.som$grid$pts
# x y
# [1,] 1.5 0.8660254
# [2,] 2.5 0.8660254
# [3,] 3.5 0.8660254
# [4,] 4.5 0.8660254
# [5,] 5.5 0.8660254
# up to [100,] 10.0 8.6602540
# Assign a name for each coordinate. For example, "1", "2", "3", etc
dimnames(iris.som$grid$pts) = list(as.character(1:100), c("x","y"))
#iris.som$grid$pts
# x y
#1 1.5 0.8660254
#2 2.5 0.8660254
#3 3.5 0.8660254
#4 4.5 0.8660254
#5 5.5 0.8660254
# Put the names on the plot
text(iris.som$grid$pts, dimnames(iris.som$grid$pts[[1]]))
# Do the same steps for other plots
plot(iris.som, type="dist.neighbours",
palette.name=grey.colors, shape = "straight")
text(iris.som$grid$pts, dimnames(iris.som$grid$pts[[1]]))
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