wolfram-mathematica - 将 Mathematica 中的多个 3D 对象放在同一个 3D 框中

Question

我有一个由 mathematica 中的 ListPlot3D 创建的 3D 表面。表面本身是相对平面的并且在任意平面 xy 中。我想将此表面放置在由 ChemicalData 函数生成或从 .pdb 或其他分子输入输入的分子的顶部。该分子也是平面的，并再次放置在 xy 平面中。我希望这两个 3D 对象相距一定的 z 距离。

最终的希望是，我将在这个平面分子上方放置一个势能面，该面仍可在 3D 中旋转。我一直在使用 Show 和 Graphics 3D 选项但没有成功。表面上的 x,y 点对应于 3D 分子上的 x,y 点，但是它们可以根据需要轻松缩放和移动。作为最后的选择，我想我可以输入原子的 x、y、z 坐标并使用 PointListPlot3D 命令和各种选项来模拟分子的外观，但这似乎比它需要的复杂得多。

另一种可能的方法是将两个 3D 对象都转换为 3D 框并简单地堆叠在彼此的顶部。但是我还没有在 mathematica 中找到这个功能。有没有人对如何做到这一点有任何想法？

PES = ListPlot3D[{{0., 0., -2.04900365`},..., {0., 0.3, -2.05743098`}}]
Show[Graphics3D[ChemicalData["Benzene","MoleculePlot"]],PES]

问题是分子的规模与能量表面的规模。

据我所知，单位是皮米。然而，它们的原子距离似乎降低了 3%。

作为对此的更新，获取分子的 xyz 坐标并手动生成对象变得更加简单。已经有一段时间了，但我相信如果您只声明:

ChemicalData["Benzene","MoleculePlot"]

Mathematica 将显示格式。如果你做了很多这些，就可以制作一个相当简单的 python 脚本。

Answer 1

Szabolcs 说了什么，我也没有从你的问题中得到为什么这样的事情不起作用？

    Show[Graphics3D[
  Rotate[ChemicalData["Caffeine", "MoleculePlot"][[1]], 
   45 Degree, {1, .5, 0}]], 
 Plot3D[-200 + 50 Sin[x*y/10000], {x, -100 Sqrt[3*Pi], 
   100 Sqrt[3*Pi]}, {y, -100 Sqrt[3*Pi], 100 Sqrt[3*Pi]}, 
  ColorFunction -> "TemperatureMap"], Axes -> True]