r - 在 Ubuntu 14.04LTS 上安装 Pandoc 以与 R Markdown 一起使用时出现问题

Question

这个问题是我试图通过 获得一些经验的必然结果。创建可重现的报告 来自 R Markdown文件通过 knitr和 rmarkdown R 包。虽然看起来 .Rmd => HTML转换是从 RStudio(Knit HTML 按钮)内自动进行的，我尝试在 RStudio(Rscript -e 'library(rmarkdown); render("knitr-example-slides-1.Rmd")')之外做同样的事情失败了，因为根据消息，缺少 pandoc在我的系统上。这很可能是错误的，因为 RStudio 以某种方式设法执行了转换。因此，这很可能是访问和/或路径问题。

不知道 RStudio 在哪里维护 pandoc和有关访问的详细信息，我决定 安装 pandoc我。不幸的是，sudo apt-get install pandoc由于当前版本的 pandoc在 Ubuntu 的 trusty存储库(14.04LTS)是 1.12.2.1。根据 rmarkdown的消息，需要 1.12.3 或更高版本。 “没什么大不了的”，我想，并按照安装 pandoc 的说明进行操作。如果存储库中的版本太旧( http://johnmacfarlane.net/pandoc/installing.html )。这需要安装 Haskell 平台，这个平台很大，输出也很冗长。一段时间后，我终于收到了以下失败消息 :

[ 6 of 57] Compiling Text.Pandoc.Readers.TeXMath ( src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs, dist/build/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.o )

src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs:30:38:
    Ambiguous occurrence `readTeXMath'
    It could refer to either `Text.Pandoc.Readers.TeXMath.readTeXMath',
                             defined at src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs:56:1
                          or `Text.TeXMath.readTeXMath',
                             imported from `Text.TeXMath' at src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs:33:1-19
                             (and originally defined in `Text.TeXMath.Parser')
Failed to install pandoc-1.12.4.2
cabal: Error: some packages failed to install:
pandoc-1.12.4.2 failed during the building phase. The exception was:
ExitFailure 1
pandoc-citeproc-0.3.1 depends on pandoc-1.12.4.2 which failed to install.

首先，我不知道如何 修复 它。其次，我非常怀疑应该有一个 更简单的方法享受使用 rmarkdown 生成可重现的报告和 pandoc比这个。 您的建议将不胜感激!

更新(见评论):

Rscript -e 'library(rmarkdown); render("knitr-example-slides-1.Rmd")'


processing file: knitr-example-slides-1.Rmd
  |.......                                                          |  11%
  ordinary text without R code

  |..............                                                   |  22%
label: setup (with options)
List of 1
 $ include: logi FALSE

Quitting from lines 6-8 (knitr-example-slides-1.Rmd)
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'opts_chunk' not found
Calls: render ... handle -> withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval

Execution halted

Answer 1

基本上，@daroczig 在他上面的评论中回答了这个问题，所以我会在这里重复一遍，另外会添加一个关于这个问题的相关次要问题的答案，出现在主要问题的问题修复之后。

1)“Pandoc 的二进制编译版本已经随 RStudio 一起提供，因此您可以简单地 创建一个符号链接(symbolic link) ，以便您可以轻松地在 RStudio 生态系统之外使用它:https://github.com/rstudio/rmarkdown/blob/master/PANDOC.md#newer-systems-debianubuntufedora ”；

2)我已经修复了错误，在应用上述建议(请参阅我的评论)后，通过使用 显式包引用 调用 opts_chunk() :knitr::opts_chunk() ，遵循此处的指南:http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_migrating_from_v1.html (感谢@Yihui 在 a不同的问题: Transitioning research project to knitr-based setup )。