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python-xarray - 打开具有许多组的远程 zarr 商店并使用 xarray 保持坐标

转载作者：行者123 更新时间：2023-12-04 08:07:21

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我想读入 https://hrrrzarr.s3.amazonaws.com/index.html#sfc/20210208/20210208_00z_anl.zarr/ 的远程 zarr 存储。 zarr 商店的信息位于 https://mesowest.utah.edu/html/hrrr/zarr_documentation/zarrFileVariables.html
我能够读入一个变量，但它似乎没有捕获与该变量相关的坐标或属性(我很可能缺少 kwargs 到 open_mfdataset 或 open_zarr )。因为有不同级别的嵌套，所以我不确定正确的传递路径是什么

import xarray as xr
import s3fs

fs = s3fs.S3FileSystem(anon=True)
uri = "s3://hrrrzarr/sfc/20210208/20210208_00z_anl.zarr/10m_above_ground/UGRD/10m_above_ground"

file = s3fs.S3Map(uri, s3=fs)
ds = xr.open_mfdataset([file], engine="zarr")
>>> ds
<xarray.Dataset>
Dimensions:  (projection_x_coordinate: 1799, projection_y_coordinate: 1059)
Dimensions without coordinates: projection_x_coordinate, projection_y_coordinate
Data variables:
    UGRD     (projection_y_coordinate, projection_x_coordinate) float16 dask.array<chunksize=(150, 150), meta=np.ndarray>

uri = "s3://hrrrzarr/sfc/20210208/20210208_00z_anl.zarr/10m_above_ground/UGRD"
file = s3fs.S3Map(uri, s3=fs)
ds = xr.open_mfdataset([file], engine="zarr")
>>> ds
<xarray.Dataset>
Dimensions:                  (projection_x_coordinate: 1799, projection_y_coordinate: 1059)
Coordinates:
  * projection_x_coordinate  (projection_x_coordinate) float64 -2.698e+06 ......
  * projection_y_coordinate  (projection_y_coordinate) float64 -1.587e+06 ......
Data variables:
    forecast_period          timedelta64[ns] ...
    forecast_reference_time  datetime64[ns] ...
    height                   float64 ...
    pressure                 float64 ...
    time                     datetime64[ns] ...

最佳答案

Xarray无法理解嵌套zarr组。它期望所有变量和坐标都在一个平面组中。我想在这里你唯一的选择是手动合并数据集。你有没有尝试过

ds = xr.open_mfdataset([file1, file2], engine="zarr")

?

关于python-xarray - 打开具有许多组的远程 zarr 商店并使用 xarray 保持坐标，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/66163712/

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