r - data.table 一次计算多列

Question

预先感谢您阅读本文。我有一个在 data.table 1.9.3 上运行良好的函数。但是今天我更新了我的 data.table 包，我的功能不起作用。

这是我在 data.table 1.9.3 上的功能和工作示例:

trait.by <- function(data,traits="",cross.by){
  traits = intersect(traits,names(data))
  if(length(traits)<1){  
    #if there is no intersect between names and traits
    return(      data[,       list(N. = .N),    by=cross.by])
  }else{
    return(data[,c(   N. = .N,
                    MEAN = lapply(.SD,function(x){return(round(mean(x,na.rm=T),digits=1))}) , 
                    SD   = lapply(.SD,function(x){return(round(sd  (x,na.rm=T),digits=2))}) ,
                    'NA' = lapply(.SD,function(x){return(sum  (is.na(x)))})),
                 by=cross.by, .SDcols = traits])
  }
}

> trait.by(data.table(iris),traits = c("Sepal.Length",    "Sepal.Width"),cross.by="Species")
#      Species N. MEAN.Sepal.Length MEAN.Sepal.Width SD.Sepal.Length
#1:     setosa 50               5.0              3.4            0.35
#2: versicolor 50               5.9              2.8            0.52
#3:  virginica 50               6.6              3.0            0.64
#   SD.Sepal.Width NA.Sepal.Length NA.Sepal.Width
#1:           0.38               0              0
#2:           0.31               0              0
#3:           0.32               0              0

重点是 MEAN.(traits) , SD.(traits)和 NA.(traits)为我在 traits 中给出的所有列计算多变的。

当我使用 data.table 1.9.4 运行它时，我收到以下错误:

> trait.by(data.table(iris),traits = c("Sepal.Length",    "Sepal.Width"),cross.by="Species")
#Error in assign("..FUN", eval(fun, SDenv, SDenv), SDenv) : 
#  cannot change value of locked binding for '..FUN'

知道我应该如何解决这个问题吗？!

Answer 1

更新:现已在 1.9.5 中修复此问题在 commit 1680 .来自 NEWS :

27. Fixed a bug in the internal optimisation of j-expression with more than one lapply(.SD, function(..) ..) as illustrated here on SO. Closes #985. Thanks to @jadaliha for the report and to @BrodieG for the debugging on SO.

现在这可以按预期工作:

data[,
  c(
    MEAN = lapply(.SD,function(x){return(round(mean(x,na.rm=T),digits=1))}),
    SD = lapply(.SD,function(x){return(round(sd  (x,na.rm=T),digits=2))})
  ), by=cross.by, .SDcols = traits]    

这看起来像是一个由于多次使用 lapply(.SD, FUN) 而出现的错误。合二为一 data.table结合 c( 调用.您可以通过替换 c( 来解决它与 .( .

traits <- c("Sepal.Length",    "Sepal.Width")
cross.by <- "Species"
data <- data.table(iris)

data[,
  c(
    MEAN = lapply(.SD,function(x){return(round(mean(x,na.rm=T),digits=1))})
  ),
  by=cross.by, .SDcols = traits
]

作品。

data[,
  c(
    SD = lapply(.SD,function(x){return(round(sd  (x,na.rm=T),digits=2))})
  ),
  by=cross.by, .SDcols = traits
]

作品。

data[,
  c(
    MEAN = lapply(.SD,function(x){return(round(mean(x,na.rm=T),digits=1))}),
    SD = lapply(.SD,function(x){return(round(sd  (x,na.rm=T),digits=2))})
  ),
  by=cross.by, .SDcols = traits
]    

不工作

data[,
  .(
    MEAN = lapply(.SD,function(x){return(round(mean(x,na.rm=T),digits=1))}),
    SD = lapply(.SD,function(x){return(round(sd  (x,na.rm=T),digits=2))})
  ),
  by=cross.by, .SDcols = traits
]

作品。