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我正在将一个由 OpenMP 并行化的程序移动到集群。该集群使用 Lava 1.0 作为调度程序,每个节点有 8 个核心。我在作业脚本中使用了 MPI 包装器来进行多主机并行。
这是作业脚本:
#BSUB -q queue_name
#BSUB -x
#BSUB -R "span[ptile=1]"
#BSUB -n 1
#BSUB -J n1p1o8
##BSUB -o outfile.email
#BSUB -e err
export OMP_NUM_THREADS=8
date
/home/apps/bin/lava.openmpi.wrapper -bynode -x OMP_NUM_THREADS \
~/my_program ~/input.dat ~/output.out
date
最佳答案
考虑到您在评论中指定的信息,您最好的选择是:
-x
请求独占节点访问权限(你已经这样做了); -n 1
为每个节点请求一个插槽(你已经这样做了); OMP_NUM_THREADS
每个节点的核心数(您已经这样做了); #BSUB -q queue_name
#BSUB -x
#BSUB -n 1
#BSUB -J n1p1o8
##BSUB -o outfile.email
#BSUB -e err
export OMP_NUM_THREADS=8
export OMP_PROC_BIND=true
date
~/my_program ~/input.dat ~/output.out
date
OMP_PROC_BIND
是 OpenMP 3.1 规范的一部分。如果使用符合旧版本标准的编译器,则应使用特定于供应商的设置,例如
GOMP_CPU_AFFINITY
对于 GCC 和
KMP_AFFINITY
用于英特尔编译器。将线程绑定(bind)到内核可防止操作系统在不同处理器内核之间移动线程,从而加快执行速度,尤其是在数据局部性非常重要的 NUMA 系统上(例如,具有多个 CPU 插槽和每个插槽中的单独内存 Controller 的机器) .
#BSUB -q queue_name
#BSUB -x
#BSUB -n 1
#BSUB -J n1p1o8[1-20]
##BSUB -o outfile.email
#BSUB -e err_%I
export OMP_NUM_THREADS=8
export OMP_PROC_BIND=true
date
~/my_program ~/input_${LSF_JOBINDEX}.dat ~/output_${LSF_JOBINDEX}.out
date
-J n1p1o8[1-20]
) 的数组作业。
%I
在
-e
替换为工作编号,因此您将获得一个单独的
err
每个作业的文件。
LSF_JOBINDEX
环境变量设置为当前作业索引,即
1
在第一份工作中,
2
在第二个等等。
OMP_NUM_THREADS
等于内核总数,或者如果您设置
OMP_NUM_THREADS
等于
2
并告诉运行时将两个线程放在不同的套接字上(当线程正在执行向量化代码并且单个线程能够使本地内存总线饱和时,这是一个合理的场景)。
关于parallel-processing - LSF 中的混合 MPI/OpenMP,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/15177395/
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能够使用多个节点执行 MPI 作业以加快流程 这是我目前使用的命令: mpirun --hostfile myhost -np 2 --map-by slot Job.x//只在第一个节点执行 mpi
我想创建一个新的通信器,它只保留处理中使用的行列,如果我有 24 个可用处理器而我只需要 10 个,那么该组应该只保留这 10 个,否则它将保留所有他们。出于某种原因,当我尝试创建一个通信器时,一切都
我正在开发一些程序,而不是在每个节点上有 4 个内核的 4 节点集群上运行。我有一个非常快的 OpenMP 版本的程序,它只在一个集群上运行,我正在尝试使用 MPI 扩展它。由于我的经验有限,我想知道
这是我尝试在 MPI 中编写经典平滑像素平均算法的代码。我几乎让它工作了,但是光晕交换发生了一些奇怪的事情,因为可以看到边缘的线条。我似乎找不到错误。我是否正确地交换了光环?我应该收集最终数组的哪一部
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当我们在集群上使用命令 say mpirun -np 4 a.out 启动 MPI 程序时,然后MPI 运行时系统如何跨 CPU 分配进程? 我的意思是,假设它在集群中找到一个空闲的四核 CPU,它会
使用 mpirun 启动 MPI 作业时或 mpiexec ,我可以理解人们如何开始每个单独的过程。但是,如果没有任何编译器魔法,这些包装器可执行文件如何将安排(MPI 通信器)传达给 MPI 进程?
MPI 中的等级和进程有什么区别? 最佳答案 Here是我从中学习所有 MPI 的资源,您可能会发现它很有用。 关于你的问题:流程 是正在运行的程序的实际实例。 MPI 允许您创建逻辑 团体进程,并且
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我正在尝试使用 mpi run 使用扭矩调度程序来运行我的程序。虽然在我的 pbs 文件中我通过 加载了所有库 export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/library 但它给出
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非阻塞发送/接收立即在 MPI 中返回,操作在后台完成。我看到这种情况发生的唯一方法是当前进程/线程调用/创建另一个进程/线程并将发送/接收代码的图像加载到其中并返回。然后这个新进程/线程完成这个操作
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我是一名优秀的程序员,十分优秀!