r - STRINGdb r 环境； plot_network 中的错误

Question

我正在尝试使用 stringdb在 R 中，当我尝试绘制网络时出现以下错误:

Error in if (grepl("The document has moved", res)) { : argument isof length zero

代码:

library(STRINGdb)
#(specify organism)
string_db <- STRINGdb$new( version="10", species=9606, score_threshold=0)

filt_mapped = string_db$map(filt, "GeneID", removeUnmappedRows = TRUE)

head(filt_mapped)

(我有标题为:GeneID、logFC、FDR、STRING_id 的列，有 156 行)

filt_mapped_hits = filt_mapped$STRING_id
head(filt_mapped_hits)

(156 次观察)

string_db$plot_network(filt_mapped_hits, add_link = FALSE)

Error in if (grepl("The document has moved", res)) { : argument isof length zero

Answer 1

您使用的是几年前的 Bioconductor 版本，并扩展了 STRING 包。
如果您更新到最新版本，它将起作用。但是更新的包只支持最新版本的STRING(目前是11版)，所以底层网络可能会有一点变化。
更详细的原因是这样的:
STRING 的硬件基础设施最近发生了重大变化，这迫使服务器设置不同。
现在所有旧的调用都被转发到一个不同的 URL，但是 cURL 调用，它是如何实现的，不遵循我们的重定向，这破坏了 STRINGdb 包的功能。
我们无法更新旧的 bioconductor 包，我们的服务器设置也无法真正改变。
也就是说，旧版本的修复相对简单。
在 STRINGdb 库中有包含所有方法“rstring.r”的脚本。
在那里你会找到“get_png”方法。在它替换这一行:

urlStr = paste("http://string-db.org/version_", version, "/api/image/network", sep="" )      

有了这条线:

urlStr = paste("http://version", version, ".string-db.org/api/image/network", sep="" )

再次加载库，它应该像以前一样创建 PNG。