cluster-computing - SunGridEngine、Condor、Torque 作为 PVM 的资源管理器

Question

任何人都知道哪个资源管理器适合 PVM？或者我不应该使用 PVM 而是依赖 MPI(或它的任何版本，例如 MPICH-2 [还有其他更好的吗？])。使用 PVM 的主要原因是因为我之前开始这个项目的人假设使用 PVM。然而，现在这个项目是我的(他没有做过任何依赖 PVM 的重要工作)这可以很容易地改变，最好是易于安装的东西，因为安装和设置 PVM 是一个很大的麻烦。

我倾向于 SunGridEngine 看到我如何拥有专用硬件，并且在阅读了另一篇关于哪些更适合专用硬件的帖子之后，SGE 似乎是赢家。但是我不确定它使用 PVM 的性能。想知道是否有人对 PVM 和 SGE 有任何经验？

如果人们使用 SGE，你用什么来从计算机到计算机(或虚拟机到虚拟机)进行通信

哦，如果这很重要，我将运行 Perl 应用程序/行。

有什么建议或想法吗？

提前感谢所有评论，

Tyug

Answer 1

我使用 Torque、SGE 和 LSF 在 Linux 系统上运行 PVM，没有任何问题。您是在问“是否可以使用 SGE、Torque 等来运行 PVM 应用程序？”？

如果是这样，请查看下面我的示例 Linux c-shell 作业脚本。请注意，除了每个脚本的 header 之外，脚本几乎相同，它符合每个资源管理器的适当格式。

SGE 作业脚本:

#!/bin/csh
#$ -N LTR-001
#$ -o LTR-001.output
#$ -e LTR-001.error
#$ -pe comp 24
#$ -l h_rt=04:00:00
#$ -A cmit2
#$ -cwd
#$ -V

# Setup envirnoment
setenv LD_LIBRARY_PATH /lfs0/projects/cmit2/opt-intel/overture-noX/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
setenv PVM_ARCH LINUX
setenv PVM_ROOT /lfs0/projects/cmit2/opt-intel/pvm3
setenv PVM_BIN ${PVM_ROOT}/bin
setenv PVM_RSH /usr/bin/ssh
setenv MY_HOSTS pvm_hostfile

rm -f ~/.pvmprofile
env | grep PVM_ > ~/.pvmprofile

# Create file containing _unique_ host names.  Note that there are two possible sources of available hosts
sort -k 1,1 -u ${MACHINE_FILE} >! ${MY_HOSTS}

# Start PVM & add nodes
printf "%s\n%s\n" conf quit|${PVM_ROOT}/lib/pvm ${MY_HOSTS}
wait
sleep 2

#
# Run apps requiring PVM.
#

wait
# Exit PVM daemon
echo "reset" | $PVM_ROOT/lib/pvm
echo "halt" | $PVM_ROOT/lib/pvm

扭矩作业脚本:

#!/bin/csh
#PBS -N LTR-001
#PBS -o LTR-001.output
#PBS -e LTR-001.error
#PBS -l nodes=3:ppn=8
#PBS -l walltime=04:00:00
#PBS -q compute
#PBS -d .

# Setup envirnoment
setenv LD_LIBRARY_PATH /users/ps14/opt-intel/overture/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
setenv PVM_ARCH LINUX64
setenv PVM_ROOT /users/ps14/opt-intel/pvm3
setenv PVM_BIN ${PVM_ROOT}/bin
setenv PVM_RSH ${PVM_ROOT}/ssh
setenv MY_HOSTS pvm_hostfile

rm -f ~/.pvmprofile
env | grep PVM_ > ~/.pvmprofile

# Create file containing _unique_ host names.  Note that there are two possible sources of available hosts
sort -k 1,1 -u ${PBS_NODEFILE} >! ${MY_HOSTS}

# Start PVM & add nodes
printf "%s\n%s\n" conf quit|${PVM_ROOT}/lib/pvm ${MY_HOSTS}
wait
sleep 2

#
# Run apps requiring PVM.
#

wait
# Exit PVM daemon
echo "reset" | $PVM_ROOT/lib/pvm
echo "halt" | $PVM_ROOT/lib/pvm