julia - SimpleHypergraphs.jl - 从文本文件加载超图

Question

我正在使用 SimpleHypergraphs.jl 库并尝试从文本文件(例如 csv)构建超图。
例如，我想从这样的 csv 文件加载超图:

0.0, 7.0, 0.0, 0.0
1.3, 2.8, 4.5, 0.0
0.0, 1.3, 3.1, 4.2
1.2, 0.0, 5.6, 5.0

using SimpleHypergraphs
using CSV

df = CSV.read("edge_weights.csv", DataFrame)
m = Matrix{Float64}(df)
h = Hypergraph(m)

我收到以下错误:
“错误:方法错误:没有方法匹配 Hypergraph(::Matrix{Float64})”
我是 Julia 的新手，我非常感谢我如何实现这一目标的示例。谢谢!

Answer 1

作为 Hypergraph 传递的矩阵构造函数应该具有 Union{Nothing, T} 类型的元素哪里T是某种数字类型(例如 Matrix{Union{Float64,Nothing}} 而不仅仅是 Matrix{Float64} 。
在 SimpleHypegraphs.jl 中，我们使用 nothing (而不是 0 )来表示顶点不属于超边，因为在许多超图算法/应用程序中，顶点可能属于零权重的超边。
因此，您可以使用以下代码读取您的文件(为了重现性，我将文件内容放入文本变量中):

using DataFrames, CSV, SimpleHypergraphs

txt = """0.0, 7.0, 0.0, 0.0
1.3, 2.8, 4.5, 0.0
0.0, 1.3, 3.1, 4.2
1.2, 0.0, 5.6, 5.0"""

df = CSV.read(IOBuffer(txt), DataFrame;header=0)

mat = Matrix{Union{Float64,Nothing}}(df)

这个矩阵现在可以很容易地用作 Hypergraph构造函数。

julia> h1 = Hypergraph(mat)
4×4 Hypergraph{Float64, Nothing, Nothing, Dict{Int64, Float64}}:
 0.0  7.0  0.0  0.0
 1.3  2.8  4.5  0.0
 0.0  1.3  3.1  4.2
 1.2  0.0  5.6  5.0

但是，这可能不是您真正需要的，因为零 ( 0.0 ) 表示顶点属于零权重的超边的情况:

draw(h1, HyperNetX)

因此，您可能实际上想要将零转换为 nothing s 表示顶点不属于超边的情况:

h2 = Hypergraph(replace(mat, 0 => nothing))

现在你得到了你想要的:

draw(h2, HyperNetX)