减少ggnet2网络图中的空白空间

Question

我正在使用 R 和 GGally::ggnet2 绘制下图所示的网络图.
你可以看到有几个相互断开的独立集群，这些集群非常分散，在图中留下了很多空白。是否可以让这些集群彼此靠近从而更好地利用空间？

重现代码:

# Get datafile
wget https://www.dropbox.com/s/h4kt2fw1j4hdw3a/matrix.tsv

R
library(GGally)
library(network)

mat <- read.table('matrix.tsv')
net <- network(mat)
ggnet2(net, size= 1)

Answer 1

尝试不同的布局可能会证明是有效的:

library(GGally)
library(network)

ggnet2(net,
       size= 1,
       mode = "kamadakawai")

或者您可以使用 layout.par 试验特定布局的参数争论

ggnet2(net,
       size= 1,
       mode = "fruchtermanreingold",
       layout.par = list(repulse.rad = 100,
                         area = 1000))

如需完整的选项列表，请参阅 ?sna::gplot.layout
太找到令人愉悦的布局，您需要对选项进行一些试验，因为它们取决于图表。引用部分帮助 ?sna::gplot.layout :

Vertex layouts for network visualization pose a difficult problem –there is no single, “good” layout algorithm, and many differentapproaches may be valuable under different circumstances.

set.seed(1234)
ggnet2(net,
       size= 1,
       mode = "fruchtermanreingold",
       layout.par = list(repulse.rad = 300,
                         area = 1200))

另一种选择是使用 visNetwork并在找到一个好的初始布局后手动移动一些顶点