- html - 出于某种原因,IE8 对我的 Sass 文件中继承的 html5 CSS 不友好?
- JMeter 在响应断言中使用 span 标签的问题
- html - 在 :hover and :active? 上具有不同效果的 CSS 动画
- html - 相对于居中的 html 内容固定的 CSS 重复背景?
我以前能够成功地将 270 万到 3000 个奇数列文件加载到 R data.table 中,但是现在我遇到了段错误。文件的大小仍然相似。不确定可能会发生什么。错误消息也没有帮助。机器有足够的内存~256 Gb
> dosages <- fread(combined_dosage_file, header=F, stringsAsFactors=F)
*** caught segfault ***
address (nil), cause 'unknown'
Traceback:
1: fread(combined_dosage_file, header = F, stringsAsFactors = F)
Possible actions:
1: abort (with core dump, if enabled)
2: normal R exit
3: exit R without saving workspace
4: exit R saving workspace
R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
locale:
[1] C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] data.table_1.8.10
> f <- "../common_input/test.dosage"
> d <- fread(f, header=F, skip=1, stringsAsFactors=F, verbose=T)
Detected eol as \n only (no \r afterwards), the UNIX and Mac standard.
Using line 2 to detect sep ('skip' has been supplied) ... sep=' '
Found 3053 columns
First row with 3053 fields occurs on line 2 (either column names or first row of data)
'header' changed by user from 'auto' to FALSE
Count of eol after first data row: 500000
Subtracted 1 for last eol and any trailing empty lines, leaving 499999 data rows
Type codes: 03033222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 (first 5 rows)
Type codes: 03033222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 (+middle 5 rows)
Type codes: 03033222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 (+last 5 rows)
Bumping column 3 from INT to INT64 on data row 193249, field contains 'rs12218882'
Bumping column 3 from INT64 to REAL on data row 193249, field contains 'rs12218882'
Bumping column 3 from REAL to STR on data row 193249, field contains 'rs12218882'
*** caught segfault ***
address (nil), cause 'unknown'
Traceback:
1: fread(f, header = F, skip = 1, stringsAsFactors = F, verbose = T)
最佳答案
2015 年 9 月更新 :根据@Arun 上面对问题的评论,他在 2015 年 9 月 CRAN 的 v1.9.6 中修复了这个问题,#494 .
后人的先前答案......
我已经浏览了 v1.8.11 的 NEWS,但我看不到 fread
的任何崩溃修复程序.事实上,我不记得 fread
的任何直接崩溃报告。总之,这是新的。
请通过verbose=TRUE
至 fread
看看你是否可以复制它。输出将为我提供有关崩溃位置的线索。它还将报告有关文件(行、列和类型)的信息,这将很有帮助。
如果您从一个新 session 开始并加载文件,它会崩溃吗?
顺便说一句,iiuc 它将在 RAM 中介于 30GB 和 60GB 之间,具体取决于列类型( 2.7e6 * 3000 * 4|8 / 1024^3
)。一个大文件,但正如你所说,你有 256GB 的 RAM,所以是的,这绝对是 fread
应该没问题。有可能 fread
还没有测试到这个尺寸。这种大小的数据集通常会被分解成更小的文件,然后习惯用法是:
rbindlist(lapply(<files>, fread))
fread
应该没问题。只是解释为什么它以前可能没有出现。
关于r - fread segfault 具有 30GB 空间分隔的文件,其中一些行以空格开头,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/21009419/
所以我需要一个简单的分配器来分配(有时使用清零)并随后从映射内存池中释放 4K block 。然而,在实现这个之后,在测试时我发现在释放一两个 block 之后,如果我尝试分配一个 block ,程序
我的任务是用 C 编写一个程序。该程序应该能够检查参数并创建与我提供的参数一样大的数组。我必须用随机数填充数组。到目前为止工作正常。稍后我的任务是使用指针对数组进行排序。第一件事是我不太明白指针是如何
我对 C 很陌生(仍然)所以如果我误解了一些基本的东西,请耐心等待 我有一个简单的程序,它应该将文件作为字符串读取,然后将该字符串拆分成行 - 将结果存储到 n 个字符串数组中。但是,当我运行以下代码
我在工作中使用的应用程序之一遇到了一个奇怪且烦人的问题。该应用程序是用 C++ 编写的,当应用程序终止(主函数返回或调用 exit)时,它会因段错误而崩溃。段错误似乎是由 basic_string 类
我使用 python swig 包装的 C++ 库。在它的 __init__.py 文件中,它 sets在导入包含实现代码的共享对象文件之前,使用 dlopen 标志 RTLD_GLOBAL。 这会导
我在这里遇到了段错误。我很困惑。请帮帮我。 f1 和 y 都是结构体节点的指针。我想把 y 的左转 f1 右转。 #include #include struct node{
我有一个在公共(public)结构中声明的数组,如下所示: uint16_t *registers; 在一个函数中,我正在检索一个字符字符串(存储在缓冲区中,请参阅下面的代码),其中包含以逗号分隔的数
我正在用 C 实现二叉搜索树。下面的代码工作正常,只是当我尝试从树中删除子树时得到 SEGFAULT: 源代码: #include #include struct node { int dat
struct vehicle *add_vehicle(struct vehicle *v){ struct vehicle *newcar = (struct vehicle*)malloc
我正在使用链接列表实现符号表,代码工作正常,但代码中存在内存泄漏, 我有以下结构 struct node { char* pcKey; void* pvValue; struct node
我正在尝试将字符串复制到数组并打印它。它适用于第一个 for 循环,但第二次出现 seg 错误。 main (int argc, char *argv[]){ int argcIndex; cha
自从我用 C 编写代码已经一年了,但我不明白为什么会出现段错误 // Assume all imports are made int printAgain(double** array, int si
这是我的代码。编辑:调用者包含在底部。 该函数读取数据文件,确定有多少行和列,然后将数据存储到 data_array 中。 int getdata(double* *data_array, int*
我认为有两组代码是等效的,但一组会导致段错误,而另一组则不会。我真的很困惑为什么会这样...... 我想创建一个查找函数 此代码确实有效: MyPair *> dummy(x, NULL);
希望有人能提供帮助。我可以毫无错误地编译,我没有发现任何语法错误,但是当我运行它时,它崩溃了。在启动时调试段错误。全面披露,这是作业。我不是要找人来编写这个代码,只是看看我的问题和我现有的代码,也许会
我正在尝试在OpenMP中并行化相当大的for-loop。大约有20%的时间运行正常,但其余时间会因各种段错误而崩溃,例如: *** glibc detected *** ./execute: dou
我有一个模板类 ISingleton class ISingleton { public: static T* getInstance() { lock_guard g
我正在为使用 LibSVM 的 Android 构建 NDK 应用程序。我在 XCode 中为我的 mac 构建了一个等价物(都是 C++) 我发现 Mac 可以高速准确地处理我给它的非常大的特征向量
我在 ARM linux 平台上有一个由简单代码引起的非常奇怪的崩溃。问题是它很少重现(一天一次),另一个问题是它在实际上无法重现的地方崩溃。 让我们从 C++ 代码开始。线程函数执行此操作:
我有这段代码 int main() { int *b = new int(8); cout<<" &b = "<
我是一名优秀的程序员,十分优秀!